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- PDB-1np2: Crystal structure of thermostable beta-glycosidase from thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1np2
タイトルCrystal structure of thermostable beta-glycosidase from thermophilic eubacterium Thermus nonproteolyticus HG102
要素beta-glycosidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermus nonproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liang, D.C. / Chang, W.R. / Wang, X.Q. / He, X.Y.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Thermostability of beta-Glycosidase from the Thermophilic Eubacterium Thermus nonproteolyticus HG102.
著者: Wang, X. / He, X. / Yang, S. / An, X. / Chang, W. / Liang, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Overexpression, purification, crystallization and preliminary crystallographic studies on a thermostable beta-glycosidase from Thermus nonproteolyticus HG102.
著者: He, X.Y. / Wang, X.Q. / Yang, S.J. / Chang, W.R. / Liang, D.C.
履歴
登録2003年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-glycosidase
B: beta-glycosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1122
ポリマ－98,1122
非ポリマー00
水6,017334
1
A: beta-glycosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0561
ポリマ－49,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-glycosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0561
ポリマ－49,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.700, 94.755, 176.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer enzyme

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要素

#1: タンパク質 beta-glycosidase


分子量: 49056.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus nonproteolyticus (バクテリア)
株: HG102 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L794, beta-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: He, X.Y., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, 57, 1650.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14 mg/mlprotein1drop
25 mMHEPES1droppH7.5
320 %MPD1reservoir
40.2 M1reservoirNaCl
50.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2001年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→83.51 Å / Num. all: 44647 / Num. obs: 42023 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 73.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 41963 / % possible obs: 94 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.4 % / Rmerge(I) obs: 0.327

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1BGA

1bga


解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2102 -random
Rwork0.23 ---
obs0.23 41963 94 %-
all-44647 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6822 0 0 334 7156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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