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- PDB-1nox: NADH OXIDASE FROM THERMUS THERMOPHILUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nox
タイトルNADH OXIDASE FROM THERMUS THERMOPHILUS
要素NADH OXIDASE
キーワードFLAVOENZYME / FLAVOPROTEIN FMN / OXIDOREDUCTASE / THERMOPHILE
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity
類似検索 - 分子機能
NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS, 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Hecht, H.J. / Erdmann, H. / Park, H.J. / Sprinzl, M. / Schmid, R.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of NADH oxidase from Thermus thermophilus.
著者: Hecht, H.J. / Erdmann, H. / Park, H.J. / Sprinzl, M. / Schmid, R.D.
履歴
登録1996年11月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2372
ポリマ－22,7801
非ポリマー4561
水1,67593
1
A: NADH OXIDASE
ヘテロ分子

A: NADH OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4744
ポリマ－45,5612
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.530, 60.600, 56.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 NADH OXIDASE


分子量: 22780.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PTNADOX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q60049, NADH dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 6
詳細: 0.05 M MES-TRIS BUFFER PH 6.0, 26 % PEG 4000, 0.3 M NACL, 50 MM FMN
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlNADH oxidase1drop
210 mMFAD1reservoir
30.8 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Mcitrate-pjosphate1reservoir
50.25 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.59 Å / Num. obs: 28064 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.071 / % possible all: 95.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS, 分子置換
開始モデル: MODEL FROM ISOMORPHOUS REPLACEMENT

解像度: 1.59→21 Å / σ(F): 0 / 詳細: FREE-R-VALUE INTRODUCED LATE IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.20432 28064 5 %
Rwork0.1823 --
obs0.1896 28064 96.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1571 0 31 93 1695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6512
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4233
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.5032
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.0173
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02450.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1340.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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