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- PDB-1now: Human lysosomal beta-hexosaminidase isoform B in complex with (2R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1now
タイトルHuman lysosomal beta-hexosaminidase isoform B in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-Acetamido-3,4-Dihydroxy-5-Hydroxymethyl-Piperidinium Chloride (GalNAc-isofagomine)
要素beta-hexosaminidase beta chain
キーワードHYDROLASE / (Beta/alpha)8-barrel / homodimer / family 20 glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate catabolic process / Keratan sulfate degradation / dermatan sulfate catabolic process / penetration of zona pellucida / CS/DS degradation / Hyaluronan uptake and degradation / glycosaminoglycan metabolic process / male courtship behavior ...beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate catabolic process / Keratan sulfate degradation / dermatan sulfate catabolic process / penetration of zona pellucida / CS/DS degradation / Hyaluronan uptake and degradation / glycosaminoglycan metabolic process / male courtship behavior / cortical granule / acetylglucosaminyltransferase activity / astrocyte cell migration / ganglioside catabolic process / hyaluronan catabolic process / maintenance of location in cell / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / phospholipid biosynthetic process / : / lipid storage / oligosaccharide catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / azurophil granule / oogenesis / lysosome organization / neuromuscular process controlling balance / single fertilization / myelination / lysosomal lumen / acrosomal vesicle / skeletal system development / locomotory behavior / sensory perception of sound / intracellular calcium ion homeostasis / neuron cellular homeostasis / azurophil granule lumen / regulation of cell shape / lysosome / Neutrophil degranulation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IFG / Beta-hexosaminidase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mark, B.L. / Mahuran, D.J. / Cherney, M.M. / Zhao, D. / Knapp, S. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of Human beta-hexosaminidase B: Understanding the molecular basis of Sandhoff and Tay-Sachs disease
著者: Mark, B.L. / Mahuran, D.J. / Cherney, M.M. / Zhao, D. / Knapp, S. / James, M.N.G.
履歴
登録2003年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年11月7日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-hexosaminidase beta chain
B: beta-hexosaminidase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,99910
ポリマ－116,3702
非ポリマー1,6308
水5,783321
1
A: beta-hexosaminidase beta chain
ヘテロ分子

A: beta-hexosaminidase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,99510
ポリマ－116,3702
非ポリマー1,6268
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area6000 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area37300 Å2
手法PISA
2
B: beta-hexosaminidase beta chain
ヘテロ分子

B: beta-hexosaminidase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,00310
ポリマ－116,3702
非ポリマー1,6348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area5230 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area37060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.391, 112.391, 397.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 beta-hexosaminidase beta chain / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B


分子量: 58184.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: placenta
参照: UniProt: p07686, UniProt: P07686*PLUS, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 327分子

#3: 化合物 ChemComp-IFG / (2R,3R,4S,5R)-2-ACETAMIDO-3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-PIPERIDINE / (2R,3R,4S,5R)-2-アセチルアミノ-3,4-ジヒドロキシ-5-(ヒドロキシメチル)ピペリジン


分子量: 204.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5 mg/ml HexB [final], 50% saturated ammonium sulfate, and 50 mM potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月6日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: bent cylindrical Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 74245 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→34.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.49 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21763 3763 5.1 %RANDOM
Rwork0.19315 ---
obs0.19438 70474 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20.83 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7756 0 107 321 8184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0218095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.94211003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1892.98416679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3933954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.204151389
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.31507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1360.36807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.4180.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.5990
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0620.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1030.319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1420.384
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.551.54798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07627788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66533297
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6664.53215
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.255 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.269 296
Rwork0.209 5126
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3344-0.05430.05570.4758-0.11961.23550.0039-0.00570.02460.0570.08120.04520.0018-0.1414-0.08510.02450.03990.00030.08660.03990.072414.082329.442123.403
20.40020.0121-0.25340.4436-0.18860.97040.01890.04780.08310.10770.02580.029-0.1258-0.0105-0.04470.0595-0.03450.01960.03270.00920.101648.98852.282131.8208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA55 - 5526 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2BB55 - 5526 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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