PDB-1noa: CRYSTAL STRUCTURE OF APO-NEOCARZINOSTATIN AT 0.15 NM RESOLUTION

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1noa

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF APO-NEOCARZINOSTATIN AT 0.15 NM RESOLUTION

要素

NEOCARZINOSTATIN

キーワード

ANTIBACTERIAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces carzinostaticus (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Teplyakov, A.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of apo-neocarzinostatin at 0.15-nm resolution.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Wilson, K. / Kuromizu, K.

履歴

登録	1992年12月11日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1993年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1noa.cif.gz	32.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1noa.ent.gz	21.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1noa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1noa_validation.pdf.gz	383 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1noa_full_validation.pdf.gz	383.3 KB	表示
XML形式データ	1noa_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	1noa_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ie4-1 5yt7-3 5mgm-d 1ilu-12 4hmm-1 2wzl-d 1xb6-2 3in0-2 3o79-1 1etj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NEOCARZINOSTATIN

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.430, 34.080, 102.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

Atom site foot note

1: RESIDUE 9 IS A CIS PROLINE.

#1: タンパク質	NEOCARZINOSTATIN 分子量: 11100.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces carzinostaticus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A3R9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.94 %

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	45 %	ammonium sulfate	1	drop
3	50 mM	MES-NaOH	1	drop

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS Num. obs: 15207 / % possible obs: 94 % / R_merge(I) obs*: 0.05

-
解析

ソフトウェア

名称: PROLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.5→8 Å / σ(F): 0 /

	R_factor	反射数
obs	0.172	15074

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	778	0	0	99	877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.041
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.045
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	2.5
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	7.7
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.012
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.175
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.132
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.221
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 15074 / σ(F): 0 / R_factor all: 0.172

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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