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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nni | ||||||
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タイトル | Azobenzene Reductase from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | hypothetical protein yhda | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / azobenzene reductase / azoreductase / structural genomics / flavoproteins / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / FMN binding / oxidoreductase activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Kim, Y. / Maj, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Azobenzene Reductase from Bacillus subtilis 著者: Cuff, M.E. / Kim, Y. / Maj, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 775.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 783.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | likely a dimer related by the crystallographic two fold axis: 1-y, 1-x, 3/2-z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19207.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: apc1167 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: trisodium citrate, sodium HEPES, sucrose, pH 7.5-8.5, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月31日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 22141 / Num. obs: 19743 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Limit h max: 40 / Limit h min: 0 / Limit k max: 23 / Limit k min: 0 / Limit l max: 36 / Limit l min: -36 / Observed criterion F max: 2577691.04 / Observed criterion F min: 3.489 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 50.1134 Å2 / ksol: 0.330555 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.88 Å2 / Biso mean: 52.95 Å2 / Biso min: 29.36 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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