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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nnc | |||||||||
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タイトル | INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE SUBTYPE N9 (TERN) COMPLEXED WITH 4-GUANIDINO-NEU5AC2EN INHIBITOR | |||||||||
要素 | NEURAMINIDASE N9 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLUCOSYL) / NEURAMINIDASE / SIALIDASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Varghese, J.N. / Colman, P.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: Three-dimensional structure of the complex of 4-guanidino-Neu5Ac2en and influenza virus neuraminidase. 著者: Varghese, J.N. / Epa, V.C. / Colman, P.M. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Rational Design of Potent Sialidase-Based Inhibitors of Influenza Virus Replication 著者: Von Itzstein, M. / Wu, W.-Y. / Kok, G.B. / Pegg, M.S. / Dyason, J.C. / Jin, B. / Van Phan, T. / Smythe, M.L. / White, H.F. / Oliver, S.W. / Colman, P.M. / Varghese, J.N. / Ryan, D.M. / Woods, ...著者: Von Itzstein, M. / Wu, W.-Y. / Kok, G.B. / Pegg, M.S. / Dyason, J.C. / Jin, B. / Van Phan, T. / Smythe, M.L. / White, H.F. / Oliver, S.W. / Colman, P.M. / Varghese, J.N. / Ryan, D.M. / Woods, J.M. / Bethell, R.C. / Hotham, V.J. / Cameron, J.M. / Penn, C.R. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1992 タイトル: The Structure of the Complex between Influenza Virus Neuraminidase and Sialic Acid, the Viral Receptor 著者: Varghese, J.N. / Mckimm-Breschkin, J.L. / Caldwell, J.B. / Kortt, A.A. / Colman, P.M. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Refined Atomic Structures of N9 Subtype Influenza Virus Neuraminidase and Escape Mutants 著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Van Donkelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Neuraminidase of Influenza Virus A(Slash)Tokyo(Slash)3(Slash)67 at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M. #5: ジャーナル: Proteins / 年: 1987 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Neuraminidase of Subtype N9 from an Avian Influenza Virus 著者: Baker, A.T. / Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Colman, P.M. #6: ジャーナル: Nature / 年: 1983 タイトル: Structure of the Influenza Virus Glycoprotein Antigen Neuraminidase at 2.9 Angstroms Resolution 著者: Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Colman, P.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nnc.cif.gz | 94.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nnc.ent.gz | 75 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nnc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nnc_validation.pdf.gz | 561.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nnc_full_validation.pdf.gz | 567.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nnc_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nnc_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nnc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 326 / 2: CIS PROLINE - PRO 431 | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43723.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza A virus (A/tern/Australia/G70C/1975(H11N9)) (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/TERN/AUSTRALIA/G70C/75 / 参照: UniProt: P03472, exo-alpha-sialidase |
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-糖 , 4種, 5分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#3: 糖 | ChemComp-MAN / | ||
#4: 糖 | #6: 糖 | ChemComp-ZMR / | |
-非ポリマー , 2種, 198分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
由来についての詳細 | MOLECULE_NAME: N9 NEURAMINID |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
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放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 29729 / % possible obs: 63 % / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 106232 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 1 /
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |