PDB-4mwl: Shanghai N9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mwl

タイトル

Shanghai N9

要素

Neuraminidase

キーワード

HYDROLASE / 6-BLADED BETA-PROPELLER / Glycosylation

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wu, Y. / Qi, J.X. / Gao, F. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Characterization of two distinct neuraminidases from avian-origin human-infecting H7N9 influenza viruses
著者: Wu, Y. / Bi, Y.H. / Vavricka, C.J. / Sun, X.M. / Zhang, Y.F. / Gao, F. / Zhao, M. / Xiao, H.X. / Qin, C.F. / He, J.H. / Liu, W.J. / Yan, J.H. / Qi, J.X. / Gao, G.F.

履歴

登録	2013年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月21日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mwl.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mwl.ent.gz	152 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mwjC 4mwqC 4mwrC 4mwuC 4mwvC 4mwwC 4mwxC 4mwyC 4mx0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mwr-1 4mwv-1 2qwi-1 6d3b-1 7nn9-1 2c4l-1 5l18-1 5l15-1 4mwy-1 5jyy-1 6mcx-1 6heb-1 1nnc-1 4mwq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
182 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.003, 181.003, 181.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-758- HOH
2	1	A-828- HOH
3	1	A-843- HOH
4	1	A-1023- HOH

#1: タンパク質

Neuraminidase

分子量: 43525.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 78-465 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/1/2013(H7N9) / 遺伝子: NA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A067Y7N7*PLUS

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5%(v/v)(+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES, 10% Polyethylene glycol 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月19日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 46782 / Num. obs: 46782 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / B_iso Wilson estimate: 13.27 Å²
反射シェル	最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.9216 / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.156	2361	5.05 %
R_work	0.1372	-	-
all	0.1382	46804	-
obs	0.1382	46781	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.87 Å² / B_iso mean: 12.6387 Å² / B_iso min: 2.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3053	0	134	575	3762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3318
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.086	4528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.922	1253

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.8367	0.176	128	0.1584	2561	2689
1.8367-1.8767	0.1689	135	0.143	2575	2710
1.8767-1.9203	0.1516	133	0.1388	2581	2714
1.9203-1.9683	0.1557	139	0.1385	2569	2708
1.9683-2.0216	0.1662	149	0.1387	2575	2724
2.0216-2.081	0.1555	136	0.1329	2585	2721
2.081-2.1482	0.1692	134	0.1326	2574	2708
2.1482-2.225	0.1512	135	0.134	2588	2723
2.225-2.3141	0.1622	143	0.1308	2575	2718
2.3141-2.4194	0.1774	146	0.1364	2609	2755
2.4194-2.5469	0.1734	145	0.1402	2584	2729
2.5469-2.7065	0.1804	152	0.1426	2601	2753
2.7065-2.9154	0.1695	143	0.14	2616	2759
2.9154-3.2087	0.1484	115	0.1394	2655	2770
3.2087-3.6728	0.1221	146	0.1301	2648	2794
3.6728-4.6264	0.1314	131	0.1199	2691	2822
4.6264-42.6748	0.163	151	0.1565	2833	2984

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.0524 Å / Origin y: 19.9516 Å / Origin z: 54.7118 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0348 Å²	-0.0048 Å²	0.0111 Å²	-	0.0253 Å²	0.001 Å²	-	-	0.0254 Å²
L	0.2236 °²	-0.0159 °²	-0.0189 °²	-	0.3057 °²	0.0259 °²	-	-	0.0659 °²
S	0.0134 Å °	0.0084 Å °	0.0368 Å °	-0.0278 Å °	0.0087 Å °	-0.0494 Å °	-0.0183 Å °	0.0121 Å °	0.0012 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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