+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nn2 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE NEURAMINIDASE OF INFLUENZA VIRUS A(SLASH)TOKYO(SLASH)3(SLASH)67 AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
![]() | NEURAMINIDASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Varghese, J.N. / Colman, P.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of the neuraminidase of influenza virus A/Tokyo/3/67 at 2.2 A resolution. 著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 691.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 715.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: RESIDUES 285 AND 326 ARE CIS PROLINES. 2: A NON-PROLINE CIS PEPTIDE BETWEEN RESIDUES 430 AND 431 HAS BEEN POSITIVELY IDENTIFIED. |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43141.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/Tokyo/3/1967(H2N2) / 参照: UniProt: P06820, exo-alpha-sialidase |
---|
-糖 , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 87分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-CA / |
---|---|
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.19 % | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis / 詳細: using salting-in phase | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 30941 / Num. measured all: 180871 / Rmerge(I) obs: 0.119 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.2→6 Å / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor all: 0.21 / Num. reflection all: 28374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|