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- PDB-1nm8: Structure of Human Carnitine Acetyltransferase: Molecular Basis f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nm8
タイトルStructure of Human Carnitine Acetyltransferase: Molecular Basis for Fatty Acyl Transfer
要素Carnitine O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TWO equally sized domains / ANTI-PARALLEL BETA-STRAND
機能・相同性
機能・相同性情報


carnitine O-acetyltransferase / carnitine O-acetyltransferase activity / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / carnitine O-octanoyltransferase / acyl-CoA oxidase activity / carnitine O-octanoyltransferase activity / carnitine metabolic process, CoA-linked / short-chain fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / medium-chain fatty acid metabolic process ...carnitine O-acetyltransferase / carnitine O-acetyltransferase activity / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / carnitine O-octanoyltransferase / acyl-CoA oxidase activity / carnitine O-octanoyltransferase activity / carnitine metabolic process, CoA-linked / short-chain fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / medium-chain fatty acid metabolic process / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / peroxisome / mitochondrial inner membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily ...Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carnitine O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wu, D. / Govindasamy, L. / Lian, W. / Gu, Y. / Kukar, T. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of Human Carnitine Acetyltransferase. Molecular Basis for Fatty Acyl Transfer
著者: Wu, D. / Govindasamy, L. / Lian, W. / Gu, Y. / Kukar, T. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R.
履歴
登録2003年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnitine O-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9031
ポリマ－69,9031
非ポリマー00
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.500, 84.500, 57.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carnitine O-acetyltransferase / Carnitine acetylase / CAT


分子量: 69902.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRAT OR CAT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43155, carnitine O-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3948.49
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2951蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.2Bis-Tris, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
2蒸気拡散法, ハンギングドロップ法NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
3蒸気拡散法, ハンギングドロップ法PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
詳細: Lian, W., (2002) Acta Crystallogr., D58, 1193.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlenzyme1drop
250 mMBis-Tris1reservoirpH6.2
3100 mM1reservoirNaCl
412-15 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンCHESS F220.9794, 0.9791, 0.9641
検出器
タイプID検出器詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATEOSMIC mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD
放射モノクロメーター: MONOGRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97941
30.97911
40.96411
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 80622 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 80622 / Num. measured all: 724938
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.232 3914
Rwork0.208 -
all-724938
obs-80597
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4714 0 0 472 5186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.255
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.0051
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 77731 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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