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万見
- PDB-1nlx: Crystal Structure of PHL P 6, A Major Timothy Grass Pollen Allerg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nlx
タイトルCrystal Structure of PHL P 6, A Major Timothy Grass Pollen Allergen Co-Crystallized with Zinc
要素Pollen allergen Phl p 6
キーワードALLERGEN / Allergen Phl p 6 / four-helix-bundle / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Group V grass pollen allergen / Pollen allergen Poa p IX/Phl p VI / Pollen allergen/Uncharacterized protein Os / Ribonuclease (pollen allergen) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / ARSENIC / Pollen allergen Phl p 6
機能・相同性情報
生物種Phleum pratense (オオアワガエリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Ball, T. / Fedorov, E.V. / Vrtala, S. / Valenta, R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure oh Phl p 6, a major timothy grass pollen allergen co-crystallized with Zinc
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Fedorov, E.V. / Vrtala, S. / Valenta, R. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1999
タイトル: Molecular, Immunological, and Structural Characterization of Phl p 6, a Major Allergen and P-Particle-Associated Protein from Timothy Grass (Phleum pratense) Pollen
著者: Vrtala, S. / Fischer, S. / Grote, M. / Vangelista, L. / Pastore, A. / Sperr, W.R. / Valent, P. / Reichelt, R. / Kraft, D. / Valenta, R.
#2: ジャーナル: Int.Arch.Allergy.Immunol / 年: 1997
タイトル: X-ray crystal structures of birch pollen profilin and Phl p 2
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Valenta, R. / Almo, S.C.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The molecular basis for allergen cross-reactivity: crystal structure and IGE-epitope mapping of birch pollen profilin
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Mahoney, N.M. / Valenta, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2003年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pollen allergen Phl p 6
B: Pollen allergen Phl p 6
C: Pollen allergen Phl p 6
D: Pollen allergen Phl p 6
E: Pollen allergen Phl p 6
F: Pollen allergen Phl p 6
G: Pollen allergen Phl p 6
H: Pollen allergen Phl p 6
I: Pollen allergen Phl p 6
J: Pollen allergen Phl p 6
K: Pollen allergen Phl p 6
L: Pollen allergen Phl p 6
M: Pollen allergen Phl p 6
N: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,46549
ポリマ－167,11014
非ポリマー2,35635
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Pollen allergen Phl p 6
N: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
3
B: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子

H: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
4
I: Pollen allergen Phl p 6
M: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area11050 Å2
手法PISA
5
D: Pollen allergen Phl p 6
F: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
6
G: Pollen allergen Phl p 6
K: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA
7
E: Pollen allergen Phl p 6
L: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
8
I: Pollen allergen Phl p 6
J: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA, PQS
9
C: Pollen allergen Phl p 6
D: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2848
ポリマ－23,8732
非ポリマー4116
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area11820 Å2
手法PISA, PQS
10
K: Pollen allergen Phl p 6
L: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2848
ポリマ－23,8732
非ポリマー4116
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA, PQS
11
E: Pollen allergen Phl p 6
F: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1346
ポリマ－23,8732
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA, PQS
12
A: Pollen allergen Phl p 6
B: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA, PQS
13
G: Pollen allergen Phl p 6
H: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1346
ポリマ－23,8732
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA, PQS
14
M: Pollen allergen Phl p 6
N: Pollen allergen Phl p 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2097
ポリマ－23,8732
非ポリマー3375
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.809, 110.335, 159.420
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Pollen allergen Phl p 6 / Phl p VI


分子量: 11936.394 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ)
遺伝子: PHLPVI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43215
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素


分子量: 74.922 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: As

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.851 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, cacodylate, Zn acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月1日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 46387 / Num. obs: 46387 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2305 4.7 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.248 46387 --
obs0.248 46387 --
溶媒の処理Bsol: 11.0385 Å2 / ksol: 0.283555 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11116 0 35 0 11151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it15.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 216 5 %
Rwork0.312 4295 -
obs--95.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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