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万見
- PDB-1nlw: Crystal structure of Mad-Max recognizing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nlw
タイトルCrystal structure of Mad-Max recognizing DNA
要素
  • 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
  • MAD PROTEIN
  • MAX PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / DNA / bHLHZ / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Mad-Max complex / Myc-Max complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / E-box binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / MLL1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...Mad-Max complex / Myc-Max complex / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / E-box binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / MLL1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Max dimerization protein 1 / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein max / Max dimerization protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nair, S.K. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: X-ray structures of Myc-Max and Mad-Max recognizing DNA: Molecular bases of regulation by proto-oncogenic transcription factors
著者: Nair, S.K. / Burley, S.K.
履歴
登録2003年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
J: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
A: MAD PROTEIN
B: MAX PROTEIN
D: MAD PROTEIN
E: MAX PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2018
ポリマ－59,2018
非ポリマー00
水4,522251
1
F: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
A: MAD PROTEIN
B: MAX PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6004
ポリマ－29,6004
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
J: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
D: MAD PROTEIN
E: MAX PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6004
ポリマ－29,6004
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.346, 56.020, 65.602
Angle α, β, γ (deg.)88.82, 79.08, 67.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'


分子量: 5516.579 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 MAD PROTEIN / MAX DIMERIZER


分子量: 9445.983 Da / 分子数: 2 / Fragment: bHLHZ region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Mad / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05195
#3: タンパク質 MAX PROTEIN


分子量: 9121.248 Da / 分子数: 2 / Fragment: bHLHZ region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Max / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61244
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% MPD, 5mM magnesium chloride, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
120% methyl pentane diol11
25MM magnesium chloride11
350MM sodium cacodylate pH 6.011
4methyl pentane diol12
5magnesium chloride12
6sodium cacodylate pH 6.012
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 %MPD1reservoir
25 mM1reservoirMgCl2
350 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0
410 mg/mlprotein1drop
51
61

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.92 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 35483 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射
*PLUS
Num. measured all: 214612
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NKP

1nkp


解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.324 3376 Random
Rwork0.264 --
obs0.264 33720 -
all-35483 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.612 Å212.525 Å2-1.434 Å2
2---10.682 Å24.315 Å2
3---11.294 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 1464 0 251 4212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.94
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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