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- PDB-6dlr: PRPP Riboswitch bound to PRPP, iridium-hexamine soaked structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dlr
タイトルPRPP Riboswitch bound to PRPP, iridium-hexamine soaked structure
要素PRPP Riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / non-coding / yKKC
機能・相同性ACETATE ION / IRIDIUM HEXAMMINE ION / : / Chem-PRP / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Syntrophothermus lipocalidus DSM 12680 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.656 Å
データ登録者Peselis, A. / Serganov, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31GM119357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM88118 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: ykkC riboswitches employ an add-on helix to adjust specificity for polyanionic ligands.
著者: Peselis, A. / Serganov, A.
履歴
登録2018年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32022年4月27日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRPP Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,68127
ポリマ－34,7431
非ポリマー5,93926
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.520, 92.677, 74.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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RNA鎖 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: RNA鎖 PRPP Riboswitch


分子量: 34742.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Syntrophothermus lipocalidus DSM 12680 (バクテリア)
プラスミド: pUT7 / 詳細 (発現宿主): Derivaitve of pUC19 with T7 promoter
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
#2: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 31分子

#3: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M NH4-acetate, 0.1 M HEPES-KOH pH 7.4, and 45% 2-methyl-2,4-pentanediol (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.1051 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 24713 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.808 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Num. unique all: 13280 / Rpim(I) all: 0.349

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.656→19.535 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 2449 9.91 %
Rwork0.1973 --
obs0.1997 24713 89.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.656→19.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2301 158 6 2465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5514326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9361293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6562-2.71030.3969920.3558831X-RAY DIFFRACTION56
2.7103-2.7690.38441380.33871144X-RAY DIFFRACTION81
2.769-2.83330.3691340.34131289X-RAY DIFFRACTION86
2.8333-2.90390.36391240.30961335X-RAY DIFFRACTION91
2.9039-2.98220.32721660.27851381X-RAY DIFFRACTION93
2.9822-3.06960.28751450.26881312X-RAY DIFFRACTION94
3.0696-3.16830.26711460.26731324X-RAY DIFFRACTION91
3.1683-3.2810.26861540.21531374X-RAY DIFFRACTION92
3.281-3.41170.2471540.18941391X-RAY DIFFRACTION96
3.4117-3.56610.24231440.19951397X-RAY DIFFRACTION96
3.5661-3.75280.26481460.17651410X-RAY DIFFRACTION96
3.7528-3.98610.16961530.1771351X-RAY DIFFRACTION94
3.9861-4.29090.17341570.1741300X-RAY DIFFRACTION90
4.2909-4.71720.20661530.17121391X-RAY DIFFRACTION95
4.7172-5.38720.18081520.161412X-RAY DIFFRACTION96
5.3872-6.74060.17991540.16261330X-RAY DIFFRACTION91
6.7406-19.53580.19491370.19361292X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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