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- PDB-1nl7: Z. ramigera biosynthetic thiolase, acetylated enzyme complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nl7
タイトルZ. ramigera biosynthetic thiolase, acetylated enzyme complexed with CoA at pH 9.5
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / thiolase fold / enzyme-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Kursula, P. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of Z. ramigera biosynthetic thiolase
著者: Kursula, P. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2003年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,25210
ポリマ－162,3334
非ポリマー1,9196
水22,9691275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16720 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area49200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.374, 79.059, 148.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.58, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 392 / Label seq-ID: 3 - 392

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CC
12BB
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / E.C.2.3.1.9 / Acetoacetyl-CoA thiolase / biosynthetic thiolase


分子量: 40583.246 Da / 分子数: 4 / 変異: Cys89 acetylated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: lithium sulphate, ammonium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.192 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.192 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.903→30 Å / Num. obs: 149016 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.895 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.903→2 Å / 冗長度: 2.07 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 9684 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M3K

1m3k


解像度: 1.903→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22269 6714 4.5 %COPIED FROM 1M3K
Rwork0.1795 ---
all0.18147 142241 --
obs0.18147 142241 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11292 0 116 1275 12683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02111584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6811.96415662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.915324912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67651556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.22853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.213751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.26989
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2330.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2650.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.98337664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.751412076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37633920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.39243586
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 5497 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.240.3
2Bloose positional0.290.3
1Aloose thermal2.6410
2Bloose thermal2.9510
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.342 447
Rwork0.296 8857
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.856-0.5017-0.0010.7813-0.00270.1178-0.0511-0.0879-0.0010.07960.0595-0.0007-0.00120.0001-0.00840.0434-0.00620.00350.01870.00090.049621.1080.3176.964
20.54-0.1980.18231.08070.35881.49280.0609-0.1576-0.0380.2109-0.12170.10690.026-0.19510.06090.51260.021-0.04710.423-0.01240.184123.3220.37761.617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 3923 - 392
2X-RAY DIFFRACTION1BB3 - 3923 - 392
3X-RAY DIFFRACTION2CC3 - 3923 - 392
4X-RAY DIFFRACTION2DD3 - 3923 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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