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- PDB-1nks: ADENYLATE KINASE FROM SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nks
タイトルADENYLATE KINASE FROM SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS
要素ADENYLATE KINASE
キーワードKINASE / THERMOPHILIC / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / AMP kinase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase AdkA / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Vonrhein, C. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The structure of a trimeric archaeal adenylate kinase.
著者: Vonrhein, C. / Bonisch, H. / Schafer, G. / Schulz, G.E.
履歴
登録1998年7月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENYLATE KINASE
B: ADENYLATE KINASE
C: ADENYLATE KINASE
D: ADENYLATE KINASE
E: ADENYLATE KINASE
F: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,29310
ポリマ－126,8246
非ポリマー1,4694
水5,981332
1
A: ADENYLATE KINASE
B: ADENYLATE KINASE
C: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7594
ポリマ－63,4123
非ポリマー3471
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24910 Å2
手法PISA
2
D: ADENYLATE KINASE
E: ADENYLATE KINASE
F: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5346
ポリマ－63,4123
非ポリマー1,1223
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
3
D: ADENYLATE KINASE
E: ADENYLATE KINASE
F: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子

A: ADENYLATE KINASE
B: ADENYLATE KINASE
C: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,29310
ポリマ－126,8246
非ポリマー1,4694
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area13140 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area47300 Å2
手法PISA
4
D: ADENYLATE KINASE
E: ADENYLATE KINASE
F: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子

A: ADENYLATE KINASE
B: ADENYLATE KINASE
C: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,29310
ポリマ－126,8246
非ポリマー1,4694
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y+1/2,-z+3/21
Buried area12680 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area47760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.510, 145.690, 172.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ADENYLATE KINASE / ATP\:AMP PHOSPHOTRANSFERASE


分子量: 21137.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
プラスミド: PET3A / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35028, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
解説: LOW RESOLUTION DATA WERE COLLECTED ON A ROTATING ANODE AND MERGED WITH HIGH-RESOLUTION DATA COLLECTED FROM THE SYNCHROTRON SOURCE DESCRIBED ABOVE.
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M SODIUM FORMATE AT PH 7.5 AT A PROTEIN CONCENTRATION OF 5 MG/ML; PROTEIN SOLUTION WAS QUARTZ-DISTILLED AND NO NUCLEOTIDES WERE ADDED.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
22 Msodium formate1drop
34 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 292 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9123
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→40 Å / Num. obs: 54962 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 56
反射
*PLUS
Num. measured all: 168355 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56 % / Rmerge(I) obs: 0.266

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
GETAXモデル構築
直接法モデル構築
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
GETAX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.57→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION AS IMPLEMENTED IN X-PLOR 3.851 WAS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 -2 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs-54962 92 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8904 0 96 332 9332
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.164
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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