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- PDB-1nkr: INHIBITORY RECEPTOR (P58-CL42) FOR HUMAN NATURAL KILLER CELLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkr
タイトルINHIBITORY RECEPTOR (P58-CL42) FOR HUMAN NATURAL KILLER CELLS
要素P58-CL42 KIR
キーワードINHIBITORY RECEPTOR / NATURAL KILLER CELLS / IMMUNOLOGICAL RECEPTORS / IMMUNOGLOBULIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell inhibitory signaling pathway / immune response-regulating signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fan, Q.R. / Mosyak, L. / Winter, C.C. / Wagtmann, N. / Long, E.O. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Structure of the inhibitory receptor for human natural killer cells resembles haematopoietic receptors.
著者: Fan, Q.R. / Mosyak, L. / Winter, C.C. / Wagtmann, N. / Long, E.O. / Wiley, D.C.
履歴
登録1998年6月24日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P58-CL42 KIR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2011
ポリマ－22,2011
非ポリマー00
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.360, 92.360, 46.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 P58-CL42 KIR / KILLER CELL INHIBITORY RECEPTOR


分子量: 22200.902 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NATURAL KILLER CELLS / 細胞株: BL21 / プラスミド: PLM1 / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P43626
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.55 M (NH4)2HPO4, 50 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4, FINAL PH 7.7. CRYSTALS WERE HARVESTED IN 1.5 M (NH4)2HPO4, 50 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4, FINAL PH 7.7; THEN ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.55 M (NH4)2HPO4, 50 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4, FINAL PH 7.7. CRYSTALS WERE HARVESTED IN 1.5 M (NH4)2HPO4, 50 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4, FINAL PH 7.7; THEN SOAKED IN 1.5 M (NH4)2HPO4, 50 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4, 25% GLYCEROL, FINAL PH 7.7, AND FLASH-COOLED WITH LIQUID NITROGEN.
PH範囲: 5.4-7.7
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.55 Mammonium phosphate11
250 mMsodium citrate11

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: HORIZONTALLY BENT SI (111), ASYMMETRICALLY CUT CRYSTALS
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→16 Å / Num. obs: 25065 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 97.8
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 97.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED AT 10-2.2 ANGSTROMS USING POSITIONAL REFINEMENT AND SIMULATED ANNEALING PROTOCOLS IN X-PLOR. THE RESOLUTION WAS THEN EXTENDED TO 1.7 ANGSTROMS. REFINEMENT ...詳細: THE STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED AT 10-2.2 ANGSTROMS USING POSITIONAL REFINEMENT AND SIMULATED ANNEALING PROTOCOLS IN X-PLOR. THE RESOLUTION WAS THEN EXTENDED TO 1.7 ANGSTROMS. REFINEMENT AT THIS STAGE INVOLVED SIMULATED ANNEALING FOLLOWED BY B-FACTOR REFINEMENT, WITH THE EXTENSIVE USE OF SIMULATED ANNEALING OMIT MAPS. THE FINAL MODEL OBTAINED FROM X-PLOR WAS AGAIN REFINED WITH REFMAC. THE FINAL REFINEMENT STATISTICS FROM REFMAC ARE SHOWN HERE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2427 10 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.205 24473 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1513 0 0 211 1724
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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