ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QFO 解像度: 1.45→14.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.301 | 830 | 4.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.277 | - | - | - |
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obs | 0.277 | 19760 | 95.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.3265 Å2 / ksol: 0.44952 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.01 Å2 | 0 Å2 | -3.37 Å2 |
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2- | - | 3.91 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.9 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.26 Å / Luzzati sigma a free: 0.21 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→14.93 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 991 | 0 | 0 | 0 | 991 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d28.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.17 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it3.49 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it4.83 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.65 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.61 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.372 | 104 | 4 % |
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Rwork | 0.378 | 2525 | - |
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obs | - | - | 76.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | | | | |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.171 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.01 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.64 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg28.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.17 | | | | | | |
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