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万見
- PDB-1njn: The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Dei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1njn
タイトルThe crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with the antibiotic sparsomycin
要素23S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Ribosomes / tRNA / puromycin / sparsomycin / peptidyl-transferase / peptide bond formation
機能・相同性SPARSOMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER MAPS / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Bashan, A. / Agmon, I. / Zarivatch, R. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Berisio, R. / Bartels, H. / Hansen, H.A. / Yonath, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural basis of the ribosomal machinery for Peptide bond formation, translocation, and nascent chain progression
著者: Bashan, A. / Agmon, I. / Zarivatch, R. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Berisio, R. / Bartels, H. / Franceschi, F. / Auerbach, T. / Hansen, H.A. / Kossoy, E. / Kessler, M. / Yonath, A.
履歴
登録2003年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)933,7662
ポリマ－933,4051
非ポリマー3611
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.1, 409.9, 696.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: GenBank: 6460405
#2: 化合物 ChemComp-SPS / SPARSOMYCIN


分子量: 361.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N3O5S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 7.8
詳細: ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN, pH 7.80
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ETHANOL11
2DIMETHYLHEXANEDIOL11
3MGCL211
4KCL11
5NH4CL11
6HEPES11
7ETHANOL12
8DIMETHYLHEXANEDIOL12
9MGCL212
10KCL12
11NH4CL12
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Harms, J.M., (2001) Cell (Cambridge,Mass.), 107, 679.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mM1reservoirMgCl2
260 mM1reservoirNH4Cl
35 mM1reservoirKCl
410 mMHEPES1reservoirpH7.8
51
61
71
81
91
101
111

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9331
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→40 Å / Num. obs: 206787 / % possible obs: 81.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.7→3.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 80
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Rmerge(I) obs: 0.126
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CCP4位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER MAPS
開始モデル: PDB ENTRY 1NKW

1nkw


解像度: 3.7→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 9937 5 %random
Rwork0.284 ---
all0.2841 198749 --
obs0.2841 198749 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 59359 22 0 59381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3117 / Rfactor Rwork: 0.271
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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