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万見
- PDB-1nj9: Cocaine hydrolytic antibody 15A10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nj9
タイトルCocaine hydrolytic antibody 15A10
要素
  • immunoglobulin heavy chain
  • immunoglobulin variable chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Larsen, N.A. / de Prada, P. / Deng, S.X. / Zhu, X. / Landry, D.W. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystallographic and biochemical analysis of cocaine-degrading antibody 15A10.
著者: Larsen, N.A. / de Prada, P. / Deng, S.X. / Mittal, A. / Braskett, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A. / Landry, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure determination of a cocaine hydrolytic antibody from a pseudomerohedrally twinned crystal.
著者: Larsen, N.A. / Heine, A. / de Prada, P. / Redwan, E.R. / Yeates, T.O. / Landry, D.W. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: immunoglobulin variable chain
H: immunoglobulin heavy chain
A: immunoglobulin variable chain
B: immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,17612
ポリマ－91,9924
非ポリマー1848
水1,928107
1
L: immunoglobulin variable chain
H: immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1117
ポリマ－45,9962
非ポリマー1155
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
2
A: immunoglobulin variable chain
B: immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0655
ポリマ－45,9962
非ポリマー693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.5, 108.4, 111.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin variable chain


分子量: 22980.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 immunoglobulin heavy chain


分子量: 23015.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 12% PEG 4000, 12-14% isopropanol, 100mM MES, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 296 K / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Larsen, N.A., (2002) Acta Crystallogr.,Sect.D, 58, 2055.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
20.2 Msodium acetate1droppH5.5
312 %PEG40001reservoir
412-14 %2-propanol1reservoir
5100 mMMES1reservoirpH5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 32009 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 76.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 91574
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
SHELXL-97& CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1526 -thin shells
Rwork0.199 ---
all0.204 32009 --
obs0.201 29505 80 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6464 0 8 107 6579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0096
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.966
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d30.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELX / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_deg27.7
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_deg0.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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