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万見
- PDB-1nj8: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Methanocaldococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nj8
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Methanocaldococcus janaschii
要素Proline-tRNA Synthetase
キーワードLIGASE / Class-II tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prolyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) ...Prolyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / C-terminal domain of ProRS / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kamtekar, S. / Kennedy, W.D. / Wang, J. / Stathopoulos, C. / Soll, D. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: The structural basis of cysteine aminoacylation of tRNAPro by prolyl-tRNA synthetases
著者: Kamtekar, S. / Kennedy, W.D. / Wang, J. / Stathopoulos, C. / Soll, D. / Steitz, T.A.
履歴
登録2002年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline-tRNA Synthetase
B: Proline-tRNA Synthetase
C: Proline-tRNA Synthetase
D: Proline-tRNA Synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,1154
ポリマ－215,1154
非ポリマー00
水1,69394
1
A: Proline-tRNA Synthetase
B: Proline-tRNA Synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5582
ポリマ－107,5582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area39030 Å2
手法PISA
2
C: Proline-tRNA Synthetase
D: Proline-tRNA Synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5582
ポリマ－107,5582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.940, 104.845, 91.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.63, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a dimer. Each asymmetric unit contains two such dimers.

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要素

#1: タンパク質
Proline-tRNA Synthetase / E.C.6.1.1.15 / Prolyl-tRNA synthetase / Proline--tRNA ligase / ProRS


分子量: 53778.809 Da / 分子数: 4
断片: N terminally His tagged and Thrombin digested enzyme
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
解説: Strain supplemented with additional plasmid encoding rare tRNAs
遺伝子: MJ1238 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 RecA- / 参照: UniProt: Q58635, proline-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Sodium Acetate, Ammonium Sulfate, PEG 4000, beta-Mercaptoethanol, Tris, Sodium Chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 12-25 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.5
3200 mM1dropNaCl
45 mM2-mercaptoethanol1drop
50.2 Mammonium sulfate1reservoir
620-30 %PEG40001reservoir
75 mM2-mercaptoethanol1reservoir
80.1 M1reservoirpH4.5NaOAc

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F110.943
シンクロトロンALS 5.0.121.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年5月29日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年5月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9431
21.11
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 34834 / Num. obs: 30271 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 80.3
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Thermus Thermophilus Proline tRNA Synthetase

解像度: 3.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 225015.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 2954 10 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.2311 34036 --
obs0.2311 29611 87 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT MODELING / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.1854 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.93 Å20 Å210.96 Å2
2---25.61 Å20 Å2
3---38.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.86 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15088 0 0 94 15182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.382.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 469 10.4 %
Rwork0.336 --
obs-4040 79.8 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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