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- PDB-1nir: OXYDIZED NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nir
タイトルOXYDIZED NITRITE REDUCTASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素NITRITE REDUCTASE
キーワードNITRITE REDUCTASE / PSEUDOMONAS AERUGINOSA / HEMOPROTEIN / DENITRIFICATION / DOMAIN SWAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 ...C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME D / HEME C / HYDROXIDE ION / PHOSPHATE ION / Nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Nurizzo, D. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: N-terminal arm exchange is observed in the 2.15 A crystal structure of oxidized nitrite reductase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Nurizzo, D. / Silvestrini, M.C. / Mathieu, M. / Cutruzzola, F. / Bourgeois, D. / Fulop, V. / Hajdu, J. / Brunori, M. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
履歴
登録1997年6月17日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral / refine / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRITE REDUCTASE
B: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,47512
ポリマ－120,5182
非ポリマー2,95710
水15,673870
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12730 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area37800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.068, 90.072, 111.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99989, -0.0065, -0.01349), (-0.00655, -0.99997, -0.00373), (-0.01347, 0.00382, -0.9999)
ベクター: 0.46127, 22.48611, 56.85742)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NITRITE REDUCTASE


分子量: 60259.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCTC 6750 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC SPACE / 参照: UniProt: P24474, EC: 1.9.3.2

-
非ポリマー , 6種, 880分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D


分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化pH: 8.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM @M NA/K2 PHOSPHATE, 50MM TRIS-HCL, PH 8.4
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 8.5 / PH range high: 8.1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 Mphosphate11
250 mMTris-HCl11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.76534
検出器タイプ: THOMPSON
検出器: X RAY IMAGE INTENSIFIER (THOMPSON) +PRINCETON CCD DETECTOR
日付: 1997年1月1日 / 詳細: FOCUSED BEAM TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: LAUE BRAGG / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.76534 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 91663 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 892032
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
PROWデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.0045 / Data cutoff high absF: 4000 / Data cutoff low absF: 5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2937 3.17 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 82362 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å20 Å20 Å2
2--3.416 Å20 Å2
3---3.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å-
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a-0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8415 0 198 870 9483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.857
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.59
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.342
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3235 341 2.99 %
Rwork0.2517 8554 -
obs--78.02 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.59
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.342
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2517

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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