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- PDB-1ni5: Structure of the MesJ PP-ATPase from Escherichia Coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ni5
タイトルStructure of the MesJ PP-ATPase from Escherichia Coli
要素Putative cell cycle protein mesJ
キーワードCELL CYCLE / STRUCTURAL GENOMICS / ATPase / PP-type / putative cell cycle protein / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA wobble base lysidine biosynthesis / tRNAIle-lysidine synthase / tRNA(Ile)-lysidine synthase activity / tRNA modification / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lysidine-tRNA(Ile) synthetase, C-terminal / tRNA(Ile)-lysidine synthase , substrate-binding domain / TilS substrate binding domain / TilS substrate C-terminal domain / TilS substrate C-terminal domain / Chorismate Mutase Domain, subunit A - #20 / tRNA(Ile)-lysidine synthase / tRNA(Ile)-lysidine synthase, N-terminal / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop family ...Lysidine-tRNA(Ile) synthetase, C-terminal / tRNA(Ile)-lysidine synthase , substrate-binding domain / TilS substrate binding domain / TilS substrate C-terminal domain / TilS substrate C-terminal domain / Chorismate Mutase Domain, subunit A - #20 / tRNA(Ile)-lysidine synthase / tRNA(Ile)-lysidine synthase, N-terminal / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop family / Chorismate Mutase Domain, subunit A / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA(Ile)-lysidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Gu, M. / Burling, T. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the MesJ PP-ATPase from Escherichia coli
著者: Gu, M. / Burling, T. / Lima, C.D.
履歴
登録2002年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cell cycle protein mesJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5781
ポリマ－48,5781
非ポリマー00
水3,477193
1
A: Putative cell cycle protein mesJ

A: Putative cell cycle protein mesJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1552
ポリマ－97,1552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.508, 67.508, 204.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological dimer is generated by: ROTATION MATRIX -0.49997 0.86604 -0.00004 0.86604 0.49997 -0.00005 -0.00002 -0.00006 -1.00000 TRANSLATION VECTOR 0.00004 0.00071 0.00376

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要素

#1: タンパク質 Putative cell cycle protein mesJ


分子量: 48577.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MESJ / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 (DE3) / 参照: UniProt: P52097
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5M MgFormate, pH unbuffered, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 16421 / Num. obs: 16208 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 57.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1603 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→19.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 831 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 16208 98.7 %-
all-16421 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.872 Å2 / ksol: 0.295514 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.87 Å211.98 Å20 Å2
2--3.87 Å20 Å2
3----7.74 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.45 Å / Luzzati sigma a free: 0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3407 0 0 193 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.682.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.863
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 90 5.8 %
Rwork0.346 1456 -
obs-1546 96.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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