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Yorodumi- PDB-5ucm: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Pseudomonas aeru... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ucm | ||||||
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Title | Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components | Proline--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / ProRS / Proline-tRNA ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2019 Title: Characterization and structure determination of prolyl-tRNA synthetase from Pseudomonas aeruginosa and development as a screening platform. Authors: Pena, N. / Dranow, D.M. / Hu, Y. / Escamilla, Y. / Bullard, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ucm.cif.gz | 451.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ucm.ent.gz | 368.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ucm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2j3lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 64208.934 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: proS, PA0956 / Plasmid: PsaeA.17981.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9I502, proline-tRNA ligase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: PsaeA.17981.a.B1.PW37621 at 9.5 mg/ml, incubated with 1 mM proline, AMPPNP, MgCl2 and mixed 1:1 with an equal volume MCSG1(b11): 20% (w/v) PEG-8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris:HCl, pH=8.5, ...Details: PsaeA.17981.a.B1.PW37621 at 9.5 mg/ml, incubated with 1 mM proline, AMPPNP, MgCl2 and mixed 1:1 with an equal volume MCSG1(b11): 20% (w/v) PEG-8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris:HCl, pH=8.5, cryoprotected with 20% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2016 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→49.001 Å / Num. obs: 49894 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.459 % / Biso Wilson estimate: 28.32 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 9.75 / Num. measured all: 222455 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2J3L Resolution: 2.6→49.001 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 22.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.54 Å2 / Biso mean: 35.6269 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→49.001 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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