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- PDB-1nhk: CRYSTAL STRUCTURE OF MYXOCOCCUS XANTHUS NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nhk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYXOCOCCUS XANTHUS NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE AND ITS INTERACTION WITH A NUCLEOTIDE SUBSTRATE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Strelkov, S. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The 1.9 A crystal structure of a nucleoside diphosphate kinase complex with adenosine 3',5'-cyclic monophosphate: evidence for competitive inhibition.
著者: Strelkov, S.V. / Perisic, O. / Webb, P.A. / Williams, R.L.
履歴
登録1994年12月9日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
L: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7094
ポリマ－32,0512
非ポリマー6582
水3,945219
1
R: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
L: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子

R: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
L: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4188
ポリマ－64,1024
非ポリマー1,3174
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.600, 63.600, 158.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0008, -0.9883, 0.1525), (-0.9869, -0.0237, -0.1593), (0.1611, -0.1506, -0.9754)
ベクター: 66.8586, 67.6224, -0.457)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 L 2 - L 144 R 2 - R 144 0.230

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量: 16025.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: CMP / プラスミド: PUC119 DERIVED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15266, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細FOR EACH POLYPEPTIDE CHAIN THE SINGLE CAMP MOLECULE BOUND TO IT WAS MODELED WITH TWO ALTERNATIVE ...FOR EACH POLYPEPTIDE CHAIN THE SINGLE CAMP MOLECULE BOUND TO IT WAS MODELED WITH TWO ALTERNATIVE CONFORMERS, SYN AND ANTI. THE TWO ALTERNATIVES CORRESPONDING TO PROTEIN CHAIN R ARE DESIGNATED AS CMP 1 WITH ALTERNATE LOCATION INDICATORS A AND B, AND THE TWO ALTERNATIVES CORRESPONDING TO CHAIN L ARE DESIGNATED AS CMP 2 WITH ALTERNATE LOCATION INDICATORS A AND B. THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT ON ALL CHAINS SIMULTANEOUSLY. THE DISORDER IN CAMP IS PRINCIPALLY MANIFEST IN THE POSITION OF THE BASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
124 mg/mlnucleoside diphosphate kinase1drop
28 mMcAMP1drop
31 mMEDTA1drop
410 mMTris-HCl1drop
513 %PEG30001drop
650 mMacetic acid1drop
7250 mMsodium acetate1drop
818 %PEG30001reservoir
950 mMacetic acid1reservoir
10250 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 26296 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 27 Å / 冗長度: 4.3 % / Num. measured all: 113713 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.206 -
Rwork0.174 -
obs0.174 25297
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 0 88 219 2554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 22.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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