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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ngt | ||||||||||||||||||
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タイトル | The Role of Minor Groove Functional Groups in DNA Hydration | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / spine of hydration / DNA conformation / modified base | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Woods, K.K. / Lan, T. / McLaughlin, L.W. / Williams, L.D. | ![]() ![]() タイトル: The Role of Minor Groove Functional Groups in DNA Hydration 著者: Woods, K.K. / Lan, T. / McLaughlin, L.W. / Williams, L.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3646.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium cacodylate, MPD, magnesium chloride, spermine tetrahydrochloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 163 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: 0.7107 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7107 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→10 Å / Num. all: 4927 / Num. obs: 4393 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.11 Å / % possible all: 74 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 30312 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection Rfree: 378 / % reflection Rfree: 22.34 % / Rfactor Rfree: 0.2815 / Rfactor Rwork: 0.2067 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.22 |