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万見
- PDB-1ngq: N1G9 (IGG1-LAMBDA) FAB FRAGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ngq
タイトルN1G9 (IGG1-LAMBDA) FAB FRAGMENT
要素(N1G9 (IGG1-LAMBDA)) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Anti-human Langerin 2G3 lambda chain / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mizutani, R. / Satow, Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Three-dimensional structures of the Fab fragment of murine N1G9 antibody from the primary immune response and of its complex with (4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetate.
著者: Mizutani, R. / Miura, K. / Nakayama, T. / Shimada, I. / Arata, Y. / Satow, Y.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1988
タイトル: Antibody Engineering for the Analysis of Affinity Maturation of an Anti-Hapten Response
著者: Allen, D. / Simon, T. / Sablitzky, F. / Rajewsky, K. / Cumano, A.
#2: ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 1985
タイトル: Structure of Primary Anti-(4-Hydroxy-3-Nitrophenyl)Acetyl (Np) Antibodies in Normal and Idiotypically Suppressed C57Bl/6 Mice
著者: Cumano, A. / Rajewsky, K.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Somatic Variants of Murine Immunoglobulin Lambda Light Chains
著者: Bothwell, A.L. / Paskind, M. / Reth, M. / Imanishi-Kari, T. / Rajewsky, K. / Baltimore, D.
履歴
登録1995年6月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: N1G9 (IGG1-LAMBDA)
H: N1G9 (IGG1-LAMBDA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3083
ポリマ－47,2122
非ポリマー961
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.885, 109.885, 97.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 N1G9 (IGG1-LAMBDA)


分子量: 23129.604 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 参照: GenBank: 387376, UniProt: G0YP42*PLUS
#2: 抗体 N1G9 (IGG1-LAMBDA)


分子量: 24082.002 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 参照: UniProt: P01751
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE NUMBERING SYSTEM USED IN THIS ENTRY IS SEQUENTIAL, FROM 1 TO 211 FOR THE LIGHT CHAIN AND FROM 1 ...THE NUMBERING SYSTEM USED IN THIS ENTRY IS SEQUENTIAL, FROM 1 TO 211 FOR THE LIGHT CHAIN AND FROM 1 TO 220 FOR THE HEAVY CHAIN. THE CONVERSION TO KABAT NUMBERING (E.A.KABAT,T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M.PERRY, AND K.S.GOTTESMAN (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH BETHESDA, MD) FOR THE FAB REGIONS OF THE LIGHT AND HEAVY CHAINS IS GIVEN BELOW. SEQUENTIAL NUMBERING KABAT NUMBERING LIGHT CHAIN 1 - 9 1 - 9 10 - 26 11 - 27 27 27A 28 27B 29 27C 30 - 108 28 - 106 109 106A 110 - 171 107 - 168 172 - 202 170 - 200 203 - 215 203 - 215 HEAVY CHAIN 1 - 52 1 - 52 53 52A 54 - 83 53 - 82 84 82A 85 82B 86 82C 87 - 104 83 - 100 105 100A 106 100J 107 100K 108 - 137 101 - 130 138 - 159 133 - 154 160 - 161 156 - 157 162 - 169 162 - 169 170 - 179 171 - 180 180 - 193 183 - 196 194 - 195 199 - 200 196 - 217 202 - 223 218 - 221 226 - 229 222 235

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8-1.9 Mammonium salfate1reservoir
20.1 MTris1reservoir
310 mg/mlFab solution1drop
41.8-1.9 Mammonium salfate1drop
50.1 MTris1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / タイプ: PHOTON FACTORY / 波長: 0.8931
検出器タイプ: SATOW / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月7日 / 詳細: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR /PT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 20848 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.31 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 110783
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 51 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
OSCMGRデータ収集
X-PLOR2.1モデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR2.1精密化
OSCデータ削減
X-PLOR2.1位相決定
精密化解像度: 2.4→15 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 -10 %
Rwork0.194 --
obs-20815 87 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 5 140 3369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9031
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6321.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.5743
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.3194
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1690.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.210.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2330.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2290.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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