PDB-1ngl: HUMAN NEUTROPHIL GELATINASE-ASSOCIATED LIPOCALIN (HNGAL), REGULAR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ngl

タイトル

HUMAN NEUTROPHIL GELATINASE-ASSOCIATED LIPOCALIN (HNGAL), REGULARISED AVERAGE NMR STRUCTURE

要素

PROTEIN (NGAL)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MMP-9 COMPONENT / LIPOCALIN

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Coles, M. / Diercks, T. / Muehlenweg, B. / Bartsch, S. / Zoelzer, V. / Tschesche, H. / Kessler, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The solution structure and dynamics of human neutrophil gelatinase-associated lipocalin.
著者: Coles, M. / Diercks, T. / Muehlenweg, B. / Bartsch, S. / Zolzer, V. / Tschesche, H. / Kessler, H.

履歴

登録	1999年2月23日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ngl.cif.gz	75.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ngl.ent.gz	57.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ngl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ngl_validation.pdf.gz	245.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ngl_full_validation.pdf.gz	244.9 KB	表示
XML形式データ	1ngl_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	1ngl_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1q88-1 5v44-2 5wcj-d 4nal-d 2hbt-d 5nvk-2 3cko-d 3ckv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (8) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN (NGAL)

20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル

#1: タンパク質	PROTEIN (NGAL) / HNGAL / HNL 分子量: 20703.697 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE SEQUENCE / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: METHIONINE PRECEDES MATURE PROTEIN SEQUENCE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR MATRIX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: P80188

#1: タンパク質

PROTEIN (NGAL) / HNGAL / HNL

分子量: 20703.697 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE SEQUENCE / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: METHIONINE PRECEDES MATURE PROTEIN SEQUENCE / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR MATRIX / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: P80188

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N-NOESY
1	2	1	13C-NOESY

NMR実験の詳細

Text: MEAN STRUCTURE. STRUCTURE DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N AND 13C/15N LABELLED HNGAL.

-
試料調製

試料状態	イオン強度: 50 mM / pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX750 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX750 / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.8	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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