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- PDB-1nfv: X-ray structure of Desulfovibrio desulfuricans bacterioferritin: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nfv
タイトルX-ray structure of Desulfovibrio desulfuricans bacterioferritin: the diiron centre in different catalytic states (as-isolated structure)
要素bacterioferritin
キーワードIRON STORAGE/ELECTRON TRANSPORT / bacterioferritin / 24 subunits in the active molecule / diiron centre / haem Fe-coproporphyrin III cofactor / IRON STORAGE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYPYRUVIC ACID / : / Chem-FEC / : / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Macedo, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E. / Matias, P.M. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / LeGall, J. / Teixeira, M. / Lindley, P. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2003
タイトル: The nature of the di-iron site in the bacterioferritin from Desulfovibrio desulfuricans
著者: Macedo, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E. / Matias, P.M. / Liu, M.Y. / Xavier, A.V. / LeGall, J. / Teixeira, M. / Lindley, P. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure determination of bacterioferritin from Desulfovibrio desulfuricans by the MAD method at the Fe K-edge
著者: Coelho, A.V. / Macedo, S. / Matias, P.M. / Thompson, A.W. / LeGall, J. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2002年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 350GENERATING THE BIOMOLECULE THE ACTIVE BIOLOGICAL UNIT IS A 24-MER. SINCE THE ASYMMETRIC UNIT ...GENERATING THE BIOMOLECULE THE ACTIVE BIOLOGICAL UNIT IS A 24-MER. SINCE THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS PARTS OF TWO DIFFERENT SPHERES, APPLY THE SYMMETRY OPERATIONS (-Z, 1/2+X, 1/2-Y) AND (Y-1/2, 1/2-Z, -X) TO MONOMERS A, B, G, H, I, J, M AND N OR THE SYMMETRY OPERATIONS (Z+1/2, 1/2-X, -Y) AND (1/2-Y, -Z, X-1/2) TO THE REMAINING MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT TO GENERATE THE 24-MER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,169132
ポリマ－318,50016
非ポリマー14,669116
水34,0481890
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子

C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子

C: bacterioferritin
D: bacterioferritin
E: bacterioferritin
F: bacterioferritin
K: bacterioferritin
L: bacterioferritin
O: bacterioferritin
P: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)498,925189
ポリマ－477,75124
非ポリマー21,175165
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area105400 Å2
ΔGint-512 kcal/mol
Surface area139540 Å2
手法PISA, PQS
3
A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
ヘテロ分子

A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
ヘテロ分子

A: bacterioferritin
B: bacterioferritin
G: bacterioferritin
H: bacterioferritin
I: bacterioferritin
J: bacterioferritin
M: bacterioferritin
N: bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)500,583207
ポリマ－477,75124
非ポリマー22,832183
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area109570 Å2
ΔGint-506 kcal/mol
Surface area138770 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)225.300, 225.300, 225.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

SO4

21A-1004-

SO4

31J-1904-

SO4

41A-1210-

HOH

51A-1212-

HOH

61C-9737-

HOH

詳細the biologically relevant molecule is formed applying the following symmetry operations to chains A, B, G, H, I, J, M and N: -z, 1/2+x, 1/2-y and the combination of the three operations 1/2-z, -x, 1/2+y; z, x, y; x-1, y, z;

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要素

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タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
bacterioferritin


分子量: 19906.281 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
株: ATCC 27774 / 参照: GenBank: 14326006, UniProt: Q93PP9*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 2006分子

#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-FEC / 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / FE-COPROPORPHYRIN III


分子量: 708.538 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H36FeN4O8
#6: 化合物 ChemComp-3PY / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / ヒドロキシピルビン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 3.6
詳細: Coelho, A.V., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 326.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.0 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Macetate1reservoirpH3.6
313 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.992, 1.7387, 1.74
シンクロトロンESRF ID14-220.933
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD1999年9月15日collimating and focusing mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2000年2月2日toroidal mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) channel cutMADMx-ray1
2diamond (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9921
21.73871
31.741
40.9331
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 271259 / Num. obs: 271259 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 905598
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: polyalanine model, built from scratch

解像度: 1.95→30 Å / Num. restraintsaints: 327899 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: electron density above diiron site not modelled, seems to be a mixture of states
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 5260 -thin resolution shells
Rwork0.214 ---
obs0.214 265820 98.9 %-
all-265820 --
原子変位パラメータBiso mean: 31.6 Å2
Refine analyzeOccupancy sum non hydrogen: 24247.95
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21300 0 829 1890 24019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.025
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.237 -
obs-26867
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 1.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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