+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nft | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | OVOTRANSFERRIN, N-TERMINAL LOBE, IRON LOADED OPEN FORM | |||||||||
![]() | PROTEIN (OVOTRANSFERRIN) | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / TRANSFERRIN / OVOTRANSFERRIN / IRON BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide ...extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide / early endosome / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Mizutani, K. / Yamashita, H. / Kurokawa, H. / Mikami, B. / Hirose, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Alternative structural state of transferrin. The crystallographic analysis of iron-loaded but domain-opened ovotransferrin N-lobe. 著者: Mizutani, K. / Yamashita, H. / Kurokawa, H. / Mikami, B. / Hirose, M. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 60.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 404 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36248.980 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL LOBE / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FE / | #4: 化合物 | ChemComp-NTA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年10月15日 |
放射 | モノクロメーター: CARBON MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→30 Å / Num. obs: 188024 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.079 |
反射 | *PLUS Num. obs: 24284 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 188024 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.1→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→7 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 22.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 10 % |