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- PDB-1nfg: Structure of D-hydantoinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nfg
タイトルStructure of D-hydantoinase
要素D-hydantoinase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミドに作用 / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xu, Z. / Yang, Y. / Jiang, W. / Arnold, E. / Ding, J.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of D-Hydantoinase from Burkholderia pickettii at a Resolution of 2.7 Angstroms: Insights into the Molecular Basis of Enzyme Thermostability.
著者: Xu, Z. / Liu, Y. / Yang, Y. / Jiang, W. / Arnold, E. / Ding, J.
履歴
登録2002年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-hydantoinase
B: D-hydantoinase
C: D-hydantoinase
D: D-hydantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,68312
ポリマ－200,1594
非ポリマー5238
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9890 Å2
ΔGint-335 kcal/mol
Surface area57470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.7, 170.5, 87.3
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 95.2, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-hydantoinase / Dihydropyrimidinase / DHPase


分子量: 50039.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
プラスミド: pXZPH2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VTT5, dihydropyrimidinase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG6000, 0.1M Bicine, 0.005M CdCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH8.0
250 mMimidazole1drop
3100 mM1dropNaCl
415 mg/mlprotein1drop
516 %PEG60001reservoir
60.1 MBicine1reservoir
70.005 M1reservoirpH8.5CdCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月11日 / 詳細: confocal mirror
放射モノクロメーター: Confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. all: 139372 / Num. obs: 53883 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 47.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5481 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. measured all: 139372
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.78 Å / % possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GKQ

1gkq


解像度: 2.7→14.94 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2681 -RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.221 53756 --
obs0.221 53756 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 32.0895 Å2 / ksol: 1.4629 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14052 0 8 504 14564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.7-2.870.31484500.2978X-RAY DIFFRACTION89926
2.87-3.090.31114270.2808X-RAY DIFFRACTION90186
3.09-3.390.26954710.2577X-RAY DIFFRACTION90376
3.39-3.880.2444360.2231X-RAY DIFFRACTION89356
3.88-4.860.18554740.1723X-RAY DIFFRACTION89556
4.86-14.940.2034230.1741X-RAY DIFFRACTION88196
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.78 Å / Rfactor Rfree: 0.324 / Num. reflection Rfree: 221 / Rfactor Rwork: 0.303 / Num. reflection obs: 4281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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