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- PDB-1nff: Crystal structure of Rv2002 gene product from Mycobacterium tuber... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nff
タイトルCrystal structure of Rv2002 gene product from Mycobacterium tuberculosis
要素Putative oxidoreductase Rv2002
キーワードOXIDOREDUCTASE / Directed evolution / GFP / SDR / hydroxysteroid dehydrogenase / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / steroid catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / steroid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-alpha-(or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / 3-alpha-(or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yang, J.K. / Park, M.S. / Waldo, G.S. / Suh, S.W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Directed evolution approach to a structural genomics project: Rv2002 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Yang, J.K. / Park, M.S. / Waldo, G.S. / Suh, S.W.
履歴
登録2002年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase Rv2002
B: Putative oxidoreductase Rv2002
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5304
ポリマ－54,2032
非ポリマー1,3272
水7,782432
1
A: Putative oxidoreductase Rv2002
B: Putative oxidoreductase Rv2002
ヘテロ分子

A: Putative oxidoreductase Rv2002
B: Putative oxidoreductase Rv2002
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0618
ポリマ－108,4074
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area19700 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area28010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.377, 70.377, 148.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase Rv2002 / Rv2002 gene product


分子量: 27101.729 Da / 分子数: 2 / 変異: I6T, V47M, T69K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69167, UniProt: P9WGT1*PLUS, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.5 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3000, calcium acetate, Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.5 Mammonium sulfate1reservoir
25.0 %(v/v)PEG4001reservoir
3100 mMsodium HEPES1reservoirpH7.5
414.4 mg/mlprotein1drop
520 mMTris-HCl1droppH8.0
60.1 mMPMSF1drop
72 mMNAD+1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 40259 / Num. obs: 40259 / % possible obs: 99.7 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 280336 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1827572.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 4043 10 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.164 ---
obs0.164 40259 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.2448 Å2 / ksol: 0.389283 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å21.01 Å20 Å2
2--2.12 Å20 Å2
3----4.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3560 0 88 432 4080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.242.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 645 9.9 %
Rwork0.217 5854 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NAD.PARAMNAD.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0052
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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