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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nf7 | ||||||
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タイトル | Ternary complex of the human type II Inosine Monophosphate Dedhydrogenase with Ribavirin Monophosphate and C2-Mycophenolic Adenine Dinucleotide | ||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 8 STRANDED PARALLE ALPHA/BETA BARREL / DEHYDROGENASE / IMPD / IMPDH / RIBAVIRIN MONOPHOSPHATE / C2-MAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() 'de novo' XMP biosynthetic process / lymphocyte proliferation / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / peroxisomal membrane / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 ...'de novo' XMP biosynthetic process / lymphocyte proliferation / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / peroxisomal membrane / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 / circadian rhythm / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS / nucleotide binding / Neutrophil degranulation / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Risal, D. / Strickler, M.D. / Goldstein, B.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Inosine Monophosphate Dehydrogenase type II complexed with the MPA/NAD analog C2-MAD 著者: Risal, D. / Strickler, M.D. / Goldstein, B.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55874.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 110分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/RVP.gif)
![](data/chem/img/MYD.gif)
![](data/chem/img/UNK.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/RVP.gif)
![](data/chem/img/MYD.gif)
![](data/chem/img/UNK.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-UNK / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.34 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 6% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl, 24mM beta-mercaptoethanol, 1M LiCl, 10% Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→41.24 Å / Num. all: 39557 / Num. obs: 34951 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2383 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Chain A of PDB ENTRY 1B3O 解像度: 2.65→41.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. The residues labelled UNK 801 through 811 represent residues whose electron density is robust enough only to trace the main chain. It is not clear how these atoms ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. The residues labelled UNK 801 through 811 represent residues whose electron density is robust enough only to trace the main chain. It is not clear how these atoms correspond to the sequence assignment. The CA atoms are intended to communicate the fact that there is significant density (visible at 0.6 sigma or lower) in the region of the active site that is very near to the bound cofactor analog and therefore potentially making interactions with the analog.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.1117 Å2 / ksol: 0.339281 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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