PDB-1nei: Solution NMR Structure of Protein yoaG from Escherichia coli. Ont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nei

タイトル

Solution NMR Structure of Protein yoaG from Escherichia coli. Ontario Centre for Structural Proteomics Target EC0264_1_60; Northeast Structural Genomics Consortium Target ET94.

要素

hypothetical protein yoaG

キーワード

Structural genomics / unknown function / Alpha/Beta protein / homodimer / OCSP / NESG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

YoaG / Protein YoaG / YoaG superfamily / Domain of unknown function (DUF1869) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Protein YoaG

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Wu, B. / Pineda-Lucena, A. / Yee, A. / Cort, J. / Kennedy, M.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of hypothetical protein dimer encoded by the Yoag gene from Escherichia coli
著者: Wu, B. / Pineda-Lucena, A. / Yee, A. / Cort, J. / Kennedy, M.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2002年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nei.cif.gz	660.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nei.ent.gz	554.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nei_validation.pdf.gz	354.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nei_full_validation.pdf.gz	623.9 KB	表示
XML形式データ	1nei_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	1nei_validation.cif.gz	74.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1nei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1nei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3my2-d 1vwg-d 3tlp-1 5mq1-d 3o48-d 5zuh-d 1irl-d 1b2p-d 1vwe-d 2d4n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ET94

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein yoaG

B: hypothetical protein yoaG

13.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	19 / 100	structures with the lowest energy,target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	hypothetical protein yoaG 分子量: 6612.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P64496

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1 MM ec264, U-15N, 13C; 450 mM NaCl, 25 mM Na2PO4, 1 mM Benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 0.01% NaN3 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 450 mM NaCl, 25 mM phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	1.0.5	Gunter, P.	構造決定
CYANA	1.0.5	Gunter, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 2609 NOE-derived distance constraints, 180 dihedral angle constraints (PHI and PSI)

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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関連情報:EMDBヘッダ

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