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- PDB-1ne8: YDCE protein from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ne8
タイトルYDCE protein from Bacillus subtilis
要素conserved hypothetical protein YDCE
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical protein YDCE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / ACETIC ACID / Endoribonuclease EndoA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gogos, A. / Mu, H. / Bahna, F. / Gomez, C.A. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: PROTEINS: STRUCT.,FUNCT.,GENET. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of YdcE protein from Bacillus subtilis
著者: Gogos, A. / Mu, H. / Bahna, F. / Gomez, C.A. / Shapiro, L.
履歴
登録2002年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein YDCE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6885
ポリマ－13,0631
非ポリマー6254
水1,802100
1
A: conserved hypothetical protein YDCE
ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein YDCE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,37510
ポリマ－26,1262
非ポリマー1,2498
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)56.630, 56.630, 138.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-582-

HOH

21A-592-

HOH

詳細The second molecule of the putative biological dimer is generated by the following transformation: BIOMT1 0.5 -0.866 0.0 28.3175 BIOMT2 -0.866 -0.5 0.0 49.045 BIOMT3 0.0 0.0 -1.0 23.0431

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein YDCE


分子量: 13062.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ydcE / プラスミド: pSMT3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P96622
#2: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 12% PEG 4,000 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18.9 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
3150 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
512 %PEG40001reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
70.2 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9790, 0.97938, 0.97163
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979381
30.971631
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 8231 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 8.86 / Num. unique all: 794 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 8244 / Num. measured all: 80833 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.198

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20.86 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2097 380 -random
Rwork0.1585 ---
all0.1619 8204 --
obs0.1619 8194 99.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.098 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数901 0 27 108 1036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.12
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.209 22
Rwork0.13 -
obs-547
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.159
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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