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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nde | ||||||
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タイトル | Estrogen Receptor beta with Selective Triazine Modulator | ||||||
要素 | Estrogen receptor beta | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / estrogen receptor / estrogen receptor beta / ER / ERb / triazine / estrogen / estradiol / oestrogen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth ...receptor antagonist activity / nuclear steroid receptor activity / nuclear estrogen receptor activity / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / steroid binding / ESR-mediated signaling / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of cell growth / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Henke, B.R. / Consler, T.G. / Go, N. / Hale, R.L. / Hohman, D.R. / Jones, S.A. / Lu, A.T. / Moore, L.B. / Moore, J.T. / Orband-Miller, L.A. ...Henke, B.R. / Consler, T.G. / Go, N. / Hale, R.L. / Hohman, D.R. / Jones, S.A. / Lu, A.T. / Moore, L.B. / Moore, J.T. / Orband-Miller, L.A. / Robinett, R.G. / Shearin, J. / Spearing, P.K. / Stewart, E.L. / Turnbull, P.S. / Weaver, S.L. / Williams, S.P. / Wisely, G.B. / Lambert, M.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002 タイトル: A New Series of Estrogen Receptor Modulators That Display Selectivity for Estrogen Receptor beta 著者: Henke, B.R. / Consler, T.G. / Go, N. / Hale, R.L. / Hohman, D.R. / Jones, S.A. / Lu, A.T. / Moore, L.B. / Moore, J.T. / Orband-Miller, L.A. / Robinett, R.G. / Shearin, J. / Spearing, P.K. / ...著者: Henke, B.R. / Consler, T.G. / Go, N. / Hale, R.L. / Hohman, D.R. / Jones, S.A. / Lu, A.T. / Moore, L.B. / Moore, J.T. / Orband-Miller, L.A. / Robinett, R.G. / Shearin, J. / Spearing, P.K. / Stewart, E.L. / Turnbull, P.S. / Weaver, S.L. / Williams, S.P. / Wisely, G.B. / Lambert, M.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nde.cif.gz | 61.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nde.ent.gz | 43.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1nde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1nde | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1errS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29110.553 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 256-501 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESTRB / プラスミド: pERb256-501 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q92731 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MON / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50mM PIPES pH6.5, 200 mM lithium sulfate, 8-12% PEG35000, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 6816 / Num. obs: 6686 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 3.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 635 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 6757 / Num. measured all: 120828 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1ERR 解像度: 3→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used Maximum Likelihood
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原子変位パラメータ | Biso mean: 65.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rwork: 0.24 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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