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- PDB-1ncv: DETERMINATION CC-CHEMOKINE MCP-3, NMR, 7 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ncv
タイトルDETERMINATION CC-CHEMOKINE MCP-3, NMR, 7 STRUCTURES
要素MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 3
キーワードCYTOKINE / MCP-3 / BETA-CHEMOKINE / CHEMOTAXIS / HEPARIN-BINDING / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / monocyte chemotaxis ...CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / monocyte chemotaxis / cytoskeleton organization / response to gamma radiation / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / cell-cell signaling / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING
データ登録者Meunier, S. / Bernassau, J.M. / Guillemot, J.C. / Ferrara, P. / Darbon, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Determination of the three-dimensional structure of CC chemokine monocyte chemoattractant protein 3 by 1H two-dimensional NMR spectroscopy.
著者: Meunier, S. / Bernassau, J.M. / Guillemot, J.C. / Ferrara, P. / Darbon, H.
履歴
登録1997年2月5日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 3
B: MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9492
ポリマ－17,9492
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 50NOE VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 3


分子量: 8974.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: OVARY
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P80098
構成要素の詳細CHAINS A AND B ARE THE TWO MONOMERS CONSTITUTING THE DIMER.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121CLTOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY STANDARD 1H 2D NMR EXPERIMENTS

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試料調製

試料状態pH: 5 / 温度: 290 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
DIANA構造決定
XPLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NOE VIOLATION / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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