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- PDB-1nbq: Crystal Structure of Human Junctional Adhesion Molecule Type 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nbq
タイトルCrystal Structure of Human Junctional Adhesion Molecule Type 1
要素Junctional adhesion molecule 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / reovirus receptor / adhesion molecule / tight junction formation / immunoglobulin superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of endothelial barrier / memory T cell extravasation / Tight junction interactions / establishment of endothelial intestinal barrier / regulation of membrane permeability / protein localization to bicellular tight junction / actomyosin structure organization / positive regulation of platelet aggregation / tight junction / negative regulation of stress fiber assembly ...positive regulation of establishment of endothelial barrier / memory T cell extravasation / Tight junction interactions / establishment of endothelial intestinal barrier / regulation of membrane permeability / protein localization to bicellular tight junction / actomyosin structure organization / positive regulation of platelet aggregation / tight junction / negative regulation of stress fiber assembly / intestinal absorption / regulation of bicellular tight junction assembly / leukocyte cell-cell adhesion / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cytoskeleton organization / bicellular tight junction / Integrin cell surface interactions / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / regulation of cytokine production / protein localization to plasma membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / regulation of actin cytoskeleton organization / PDZ domain binding / cellular response to mechanical stimulus / cell-cell adhesion / integrin binding / cell-cell junction / cell junction / regulation of cell shape / virus receptor activity / cadherin binding / inflammatory response / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Junctional adhesion molecule A / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Junctional adhesion molecule A / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Junctional adhesion molecule A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Prota, A.E. / Campbell, J.A. / Schelling, P. / Forrest, J.C. / Watson, M.J. / Peters, T.R. / Aurrand-Lions, M. / Imhof, B.A. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of human junctional adhesion molecule 1: Implications for reovirus binding
著者: Prota, A.E. / Campbell, J.A. / Schelling, P. / Forrest, J.C. / Watson, M.J. / Peters, T.R. / Aurrand-Lions, M. / Imhof, B.A. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
履歴
登録2002年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Junctional adhesion molecule 1
B: Junctional adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4062
ポリマ－45,4062
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.8, 61.8, 82.9
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 120.01, 90.0
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Junctional adhesion molecule 1 / JAM / Platelet adhesion molecule 1 / PAM-1 / Platelet F11 receptor


分子量: 22703.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y624
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, isopropanol, sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
216 %PEG60001reservoir
318 %isopropanol1reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1monochromator at X25SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2monochromator at X25SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 11454 / Num. obs: 9736 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / % possible all: 51
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 27850 / Rmerge(I) obs: 0.114
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 970 -random
Rwork0.22 ---
obs0.2201 9736 10 %-
all-11454 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 0 124 3299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.7
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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