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- PDB-1nbb: N-BUTYLISOCYANIDE BOUND RHODOBACTER CAPSULATUS CYTOCHROME C' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nbb
タイトルN-BUTYLISOCYANIDE BOUND RHODOBACTER CAPSULATUS CYTOCHROME C'
要素CYTOCHROME C'
キーワードELECTRON TRANSPORT (HEME PROTEIN) / ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / N-BUTYL ISOCYANIDE / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Concerted movement of side chains in the haem vicinity observed on ligand binding in cytochrome c' from rhodobacter capsulatus.
著者: Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Cytochrome C' from Rhodobacter Capsulatus Strain St. Louis
著者: Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Yasuoka, N.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: High-Resolution Crystal Structures of Two Polymorphs of Cytochrome C' from the Purple Phototrophic Bacterium Rhodobacter Capsulatus
著者: Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N.
履歴
登録1996年3月18日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C'
B: CYTOCHROME C'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7096
ポリマ－26,3092
非ポリマー1,3994
水1,820101
1
A: CYTOCHROME C'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8543
ポリマ－13,1551
非ポリマー7002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME C'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8543
ポリマ－13,1551
非ポリマー7002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.734, 70.535, 89.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 87.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C'


分子量: 13154.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: N-BUTYLISOCYANIDE BOUND TO HEME IRON / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: M110 / 参照: UniProt: P00147
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NBN / N-BUTYL ISOCYANIDE


分子量: 83.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tahirov, T.H., (1996) J.Mol.Biol., 259, 467.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
21.5 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源波長: 1.5418
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月15日 / 詳細: DOUBLE MIRROR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 49034 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.44 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 9.28
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 73
反射
*PLUS
Num. obs: 11056 / Num. measured all: 49034
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73 % / Rmerge(I) obs: 0.261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR2.1モデル構築
X-PLOR2.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR2.1位相決定
精密化解像度: 2.4→6 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.174 --
obs0.174 9841 89.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1845 0 98 101 2044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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