PDB-1nb0: Crystal Structure of Human Riboflavin Kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nb0

タイトル

Crystal Structure of Human Riboflavin Kinase

要素

hypothetical protein FLJ11149

キーワード

TRANSFERASE / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin adenine dinucleotide biosynthetic process / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / riboflavin metabolic process / riboflavin kinase / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / positive regulation of NAD(P)H oxidase activity / riboflavin biosynthetic process / reactive oxygen species metabolic process / apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Karthikeyan, S. / Zhou, Q. / Mseeh, F. / Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Zhang, H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Human Riboflavin Kinase Reveals a Beta Barrel Fold and a Novel Active Site Arch
著者: Karthikeyan, S. / Zhou, Q. / Mseeh, F. / Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Zhang, H.

履歴

登録	2002年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nb0.cif.gz	47.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nb0.ent.gz	32.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nb0_validation.pdf.gz	765 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nb0_full_validation.pdf.gz	766.8 KB	表示
XML形式データ	1nb0_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	1nb0_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nb9C 1p4mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p4m-d 1nb9-d 5mzf-3 1l2h-d 6ili-2 6glp-2 5ghn-1 5otm-2 6wfk-2 5ws7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein FLJ11149

ヘテロ分子

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.096, 57.096, 82.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	hypothetical protein FLJ11149 / Riboflavin kinase 分子量: 16772.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLJ11149 / 器官: brain / プラスミド: pPROEX-Hta / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q969G6, riboflavin kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NA cadodalyte, Mg acetate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / PH range low: 7.4 / PH range high: 7.2

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	15-17 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris-HCl	1	drop
3	300 mM		1	drop	NaCl
4	1 mM	dithiothreitol	1	drop		pH7.2-7.4
5	100 mM	sodium cacodylate	1	reservoir		pH6.5
6	200 mM	magnesium acetate	1	reservoir
7	23 %	PEG8000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.008 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月25日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 17010 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.47 % / B_iso Wilson estimate: 20.32 Å² / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 49.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.2 / % possible all: 83.2
反射	PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 16996 / Num. measured all: 212199 / R_merge(I) obs*: 0.036
反射シェル	PLUS % possible obs: 83.2 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs*: 4.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1.27	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 2.264 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	861	5.2 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	15843	94.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	-0.11 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1177	0	28	130	1335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.978	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.017	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.042	1.5	729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.907	2	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.511	3	522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.779	4.5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.698→1.742 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.243	74
R_work	0.214	895

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 23.986 Å / Origin y: 6.416 Å / Origin z: 7.882 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1375 Å²	0.0356 Å²	-0.0212 Å²	-	0.1355 Å²	-0.0139 Å²	-	-	0.0809 Å²
L	0.7481 °²	-0.3628 °²	0.1217 °²	-	2.3148 °²	-0.6373 °²	-	-	1.7423 °²
S	0.0557 Å °	0.0404 Å °	0.0264 Å °	-0.0512 Å °	-0.0192 Å °	0.0046 Å °	0.0593 Å °	0.0646 Å °	-0.0365 Å °

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.22 / R_factor R_work: 0.187

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.61

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.74 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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