ソフトウェア 名称 バージョン 分類 MOSFLMデータ削減 SCALAデータスケーリング MOLREP位相決定 CNS1 精密化 CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.6→8 Å / Rfactor Rfree error : 0.015 / Data cutoff high absF : 639751.05 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.296 411 10.1 % RANDOM Rwork 0.234 - - - obs 0.234 4410 95.1 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 112.376 Å2 / ksol : 0.651542 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 30.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -6.49 Å2 0 Å2 5.35 Å2 2- - -0.56 Å2 0 Å2 3- - - 7.05 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error free : 0.49 Å / Luzzati sigma a free : 0.53 Å精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.6→8 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1166 0 0 121 1287
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.007 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.7 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d23.8 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.76 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
Refine LS restraints NCS NCS model details : CONSTRLS精密化 シェル 解像度 : 2.6→2.75 Å / Rfactor Rfree error : 0.048 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.379 63 9.1 % Rwork 0.299 629 - obs - - 96.1 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER.PARAM
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.73 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg23.8 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg1.76
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.376 / Rfactor Rwork : 0.298