[日本語] English
万見
- PDB-1nax: Thyroid receptor beta1 in complex with a beta-selective ligand -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nax
タイトルThyroid receptor beta1 in complex with a beta-selective ligand
要素Thyroid hormone receptor beta-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Nuclear receptor / thyroid receptor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IH5 / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. ...Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. / Persson, K. / Ljunggren, J. / Grover, G. / Sleph, P.G. / George, R. / Malm, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2003
タイトル: Thyroid receptor ligands. 1. Agonist ligands selective for the thyroid receptor beta1.
著者: Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. / Persson, K. / Ljunggren, J. / Grover, G. / Sleph, P.G. ...著者: Ye, L. / Li, Y.L. / Mellstrom, K. / Mellin, C. / Bladh, L.G. / Koehler, K. / Garg, N. / Garcia Collazo, A.M. / Litten, C. / Husman, B. / Persson, K. / Ljunggren, J. / Grover, G. / Sleph, P.G. / George, R. / Malm, J.
履歴
登録2002年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年2月15日Group: Other
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8222
ポリマ－28,4671
非ポリマー3551
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Thyroid hormone receptor beta-1
ヘテロ分子

A: Thyroid hormone receptor beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6444
ポリマ－56,9342
非ポリマー7102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3620 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.520, 107.743, 66.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor beta-1


分子量: 28466.994 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain (residues 209-460) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB OR NR1A2 OR ERBA2 OR THR1 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10828
#2: 化合物 ChemComp-IH5 / {3,5-DICHLORO-4-[4-HYDROXY-3-(PROPAN-2-YL)PHENOXY]PHENYL}ACETIC ACID / 3,5-DICHLORO-4-[(4-HYDROXY-3-ISOPROPYLPHENOXY)PHENYL]ACETIC ACID / KB-141


分子量: 355.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16Cl2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulphate, TRIS, NDSB-201, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
21.95 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0
450 mMNDSB-2011reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2002年9月20日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 119 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 7890 / Num. measured all: 104179 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.29

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNX2000.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNX2000.1位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.7→38.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 390 5.1 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all-7643 --
obs-7643 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.0188 Å2 / ksol: 0.377279 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20 Å20 Å2
2--6.98 Å20 Å2
3----8.52 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.37 Å / Luzzati sigma a free: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1981 0 23 33 2037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.081.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.971.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.931.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 62 4.9 %
Rwork0.221 1210 -
obs--99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3INH.PARINH.PAR
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.222

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る