+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1naj | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High resolution NMR Structure Of DNA Dodecamer Determined In Aqueous Dilute Liquid Crystalline Phase | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Dickerson Dodecamer | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS | データ登録者 | Wu, Z. / Delaglio, F. / Tjandra, N. / Zhurkin, V. / Bax, A. | 引用 | ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2003 | タイトル: Overall structure and sugar dynamics of a DNA dodecamer from homo- and heteronuclear dipolar couplings and (31)P chemical shift anisotropy. 著者: Wu, Z. / Delaglio, F. / Tjandra, N. / Zhurkin, V.B. / Bax, A. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1naj.cif.gz | 89.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1naj.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1naj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1naj_validation.pdf.gz | 307 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1naj_full_validation.pdf.gz | 327.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1naj_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1naj_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1naj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1naj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 | イオン強度: 40mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 162 NOE, 32 HYDROGEN BOND, AND 24 DIHEDRAL RESTRAINTS; AS WELL AS 262 CH AND 16 NH ONE-BOND DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS, 200 APPROXIMATE PROTON-PROTON ...詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON A TOTAL OF 162 NOE, 32 HYDROGEN BOND, AND 24 DIHEDRAL RESTRAINTS; AS WELL AS 262 CH AND 16 NH ONE-BOND DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS, 200 APPROXIMATE PROTON-PROTON DIPOLAR COUPLINGS, 300 quantitative proton-proton dipolar restraints, 22 31P-1H dipolar couplings, and 22 31P chemical shift anisotropy restraints. THE COORDINATE OF THE ALIGNMENT TENSOR IS DEFINED BY molecule 500 and 501. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 5 |