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- PDB-1na8: Crystal structure of ADP-ribosylation factor binding protein GGA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1na8
タイトルCrystal structure of ADP-ribosylation factor binding protein GGA1
要素ADP-ribosylation factor binding protein GGA1
キーワードSIGNALING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / clathrin-adaptor / GGA / appendage / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to ciliary membrane / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / intracellular protein transport / trans-Golgi network ...protein localization to ciliary membrane / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / intracellular protein transport / trans-Golgi network / protein catabolic process / small GTPase binding / positive regulation of protein catabolic process / intracellular protein localization / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / Amyloid fiber formation / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain ...ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / ENTH/VHS / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lui, W.W. / Collins, B.M. / Hirst, J. / Motley, A. / Millar, C. / Schu, P. / Owen, D.J. / Robinson, M.S.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2003
タイトル: Binding partners for the COOH-terminal appendage domains of the GGAs and gamma-adaptin
著者: Lui, W.W. / Collins, B.M. / Hirst, J. / Motley, A. / Millar, C. / Schu, P. / Owen, D.J. / Robinson, M.S.
履歴
登録2002年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor binding protein GGA1
B: ADP-ribosylation factor binding protein GGA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7062
ポリマ－34,7062
非ポリマー00
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.426, 65.426, 142.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221
詳細The assymetric unit contains a dimer of two identical chains but this dimer is not observed in solution

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor binding protein GGA1 / GGA1 appendage domain / Golgi-localized / gamma ear-containing / ARF-binding protein 1 / Gamma- ...GGA1 appendage domain / Golgi-localized / gamma ear-containing / ARF-binding protein 1 / Gamma-adaptin related protein 1


分子量: 17353.209 Da / 分子数: 2 / 断片: appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJY5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium citrate, ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
137 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
31.7 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→57 Å / Num. obs: 16193 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 5.9 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 57 Å / % possible obs: 99 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1GYU

1gyu


解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement used / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27923 813 5 %RANDOM
Rwork0.21571 ---
all0.21869 ---
obs0.21869 15310 98.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20.96 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----2.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 0 172 2499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.9723270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80235244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6893294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.16715442
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.3472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.32218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.5212
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1060.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2640.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5630.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8031.51500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48322478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.313893
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9924.5792
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 66
Rwork0.253 1105
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5684-0.58980.32442.00370.60086.41860.1190.00320.2046-0.17820.0859-0.3355-0.18951.0623-0.2050.004-0.0287-0.00850.2564-0.01660.134533.673834.76442.3842
22.416-0.03970.64062.22180.42294.2627-0.0624-0.33040.3710.2196-0.07750.1162-0.3454-0.31970.13990.0398-0.0471-0.03120.2694-0.01350.100431.888432.67133.651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA489 - 6394 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2BB495 - 63910 - 154
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.72
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.36 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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