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- PDB-1na6: Crystal structure of restriction endonuclease EcoRII mutant R88A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1na6
タイトルCrystal structure of restriction endonuclease EcoRII mutant R88A
要素Restriction endonuclease EcoRII
キーワードHYDROLASE / site-specific restriction / mutation / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRII, N-terminal / Restriction endonuclease EcoRII, N-terminal / Restriction Endonuclease - #80 / Restriction endonuclease, type II, EcoRII, C-terminal / EcoRII, C-terminal domain superfamily / EcoRII C terminal / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Restriction Endonuclease ...Restriction endonuclease, type II, EcoRII, N-terminal / Restriction endonuclease EcoRII, N-terminal / Restriction Endonuclease - #80 / Restriction endonuclease, type II, EcoRII, C-terminal / EcoRII, C-terminal domain superfamily / EcoRII C terminal / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Type II restriction enzyme EcoRII
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Wang, Y. / Reuter, M. / Mucke, M. / Kruger, D.H. / Meehan, E.J. / Chen, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold.
著者: Zhou, X.E. / Wang, Y. / Reuter, M. / Mucke, M. / Kruger, D.H. / Meehan, E.J. / Chen, L.
履歴
登録2002年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease EcoRII
B: Restriction endonuclease EcoRII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9152
ポリマ－90,9152
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area34010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.746, 92.360, 88.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.08, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease EcoRII / E.C.3.1.21.4 / EcoRII / Type II restriction enzyme EcoRII / Endonuclease EcoRII / R.EcoRII


分子量: 45457.488 Da / 分子数: 2 / 変異: R88A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EcoRII / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: GenBank: 2961291, UniProt: P14633*PLUS, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.5 / PH range high: 6.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMcacodylate1reservoirpH6.3-6.5
23.5-4 %(v/v)methanol1reservoir
335-40 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0088 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 50590 / Num. obs: 50590 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 5178 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 52027 / % possible obs: 99.6 % / Num. measured all: 259113
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
反復単一同系置換・異常分散モデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
反復単一同系置換・異常分散位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 540623 / Data cutoff high rms absF: 540623 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2346 5 %Random
Rwork0.23 ---
all0.246 50590 --
obs0.236 46788 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.6908 Å2 / ksol: 0.361335 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å21.5 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3----0.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6029 0 0 252 6281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 342 5.5 %
Rwork0.24 5907 -
obs-5907 72.3 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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