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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1na1 | |||||||||
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タイトル | The structure of HRV14 when complexed with Pleconaril | |||||||||
![]() | (Coat protein ...) x 4 | |||||||||
![]() | VIRUS / HRV14 / human rhinovirus 14 / Pleconaril / Icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | ![]() lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhang, Y. / Simpson, A.A. / Bator, C.M. / Chakravarty, S. / Pevear, D.C. / Skochko, G.A. / Tull, T.M. / Diana, G. / Rossmann, M.G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and virological studies of the stages of virus replication that are affected by antirhinovirus compounds 著者: Zhang, Y. / Simpson, A.A. / Ledford, R.M. / Bator, C.M. / Chakravarty, S. / Skochko, G.A. / Demenczuk, T.M. / Watanyar, A. / Pevear, D.C. / Rossmann, M.G. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | AUTHORS STATE THAT RESIDUE 170 (CHAIN B) CAN BE ILE OR LEU, AS SEEN IN OTHER DATABASE REFERENCE SEQUENCES. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 499 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 | ![]()
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | ![]()
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6 | ![]()
| x 20||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-Coat protein ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 属: Rhinovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 属: Rhinovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 属: Rhinovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 属: Rhinovirus / 細胞株: HELA CELLS / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
-非ポリマー , 2種, 243分子 ![](data/chem/img/W11.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-W11 / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, NaCl, CaCl2, PEG8K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 320952 / Num. obs: 320952 / % possible obs: 77.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.164 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.3 Å / % possible all: 77.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 545390 / Rmerge(I) obs: 0.164 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.2 % / Rmerge(I) obs: 0.477 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
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拘束条件 | *PLUS
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