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- PDB-1n9b: Ultrahigh resolution structure of a class A beta-lactamase: On th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n9b
タイトルUltrahigh resolution structure of a class A beta-lactamase: On the mechanism and specificity of the extended-spectrum SHV-2 enzyme
要素BETA-LACTAMASE SHV-2
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAM HYDROLASE / PENICILLINASE / DETERGENT BINDING / DRUG DESIGN / RADIATION DAMAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / Beta-lactamase SHV-3
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Nukaga, M. / Mayama, K. / Hujer, A.M. / Bonomo, R.A. / Knox, J.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Ultrahigh resolution structure of a class A beta-lactamase: On the mechanism and specificity of the extended-spectrum SHV-2 enzyme
著者: Nukaga, M. / Mayama, K. / Hujer, A.M. / Bonomo, R.A. / Knox, J.R.
履歴
登録2002年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE SHV-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3115
ポリマ－28,9371
非ポリマー1,3744
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.74, 55.58, 83.30
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE SHV-2 / PENICILLINASE


分子量: 28937.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: BLA / プラスミド: PBCSK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): BLA
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P30896, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, HEPES, CYMAL-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 38 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 mg/mlprotein1drop
20.56 mMCymal-6 detergent1drop
315 %(w/v)PEG60001drop
450 mMHEPES1droppH7.0
530 %PEG1reservoir
6100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→50 Å / Num. all: 164255 / Num. obs: 164255 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 0.9→0.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 18796 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 74.2
反射
*PLUS
最高解像度: 0.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 161543 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 827345 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 0.91 Å / 最低解像度: 0.96 Å / % possible obs: 84.7 % / Num. unique obs: 20721 / Num. measured obs: 55094 / Rmerge(I) obs: 0.526

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SHV

1shv


解像度: 0.9→10 Å / Num. parameters: 24004 / Num. restraintsaints: 237532 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Hydrogen atoms included in refinement but not deposited; Anisotropic refinement. Coordinate error estimated from a full-matrix LS cycle is 0.020 angstroms.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15 8189 -RANDOM
Rwork0.125 ---
all0.1253 163646 --
obs0.125 163646 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.5 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 88 / Occupancy sum hydrogen: 2020.18 / Occupancy sum non hydrogen: 2391.85
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2204 0 75 375 2654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.115
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.041
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 155457 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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