PDB-1n99: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PDZ TANDEM OF HUMAN SYNTENIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n99

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PDZ TANDEM OF HUMAN SYNTENIN

要素

Syntenin 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PDZ domain

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Kang, B.S. / Cooper, D.R. / Jelen, F. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Dauter, Z. / Otlewski, J. / Derewenda, Z.S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: PDZ Tandem of Human Syntenin: Crystal Structure and Functional Properties
著者: Kang, B.S. / Cooper, D.R. / Jelen, F. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Dauter, Z. / Otlewski, J. / Derewenda, Z.S.

履歴

登録	2002年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n99.cif.gz	80.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n99.ent.gz	61 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n99_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n99_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	1n99_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	1n99_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6r9h-1 1w9q-d 6r9h-2 1obz-d 6rlc-2 6rlc-1 5g1e-d 1w9o-d 1kzu-d 7cfk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Syntenin 1

B: Syntenin 1

36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.727, 48.678, 74.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Each monomer is a biological assembly

#1: タンパク質	Syntenin 1 / Syndecan binding protein 1 / Melanoma differentiation associated protein-9 / Mda-9 / Scaffold ...Syndecan binding protein 1 / Melanoma differentiation associated protein-9 / Mda-9 / Scaffold protein Pbp1 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 分子量: 18206.270 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ Tandem / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP OR MDA9 OR SYCL / プラスミド: pGST-parallel1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): D834 / 参照: UniProt: O00560
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.23 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: sodium acetate, PEG4000, ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

結晶化

*PLUS

温度: 21 ℃ / 詳細: used microseeding

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.6
2	24 %	PEG4000	1	reservoir
3	0.2 M	ammonium acetate	1	reservoir
4	6 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X9B / 波長: 0.97946, 0.97133, 0.97900

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月18日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97946	1
2	0.97133	1
3	0.979	1

反射

解像度: 1.94→30 Å / Num. obs: 23111 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.29

反射シェル

解像度: 1.94→2.01 Å / R_merge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2170 / % possible all: 94.8

反射

*PLUS

最低解像度: 30 Å / Num. obs: 23095 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Num. measured all: 86109 / R_merge(I) obs: 0.048

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 90.2 % / R_merge(I) obs: 0.311

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
TRUNCATE		データ削減
SHARP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.94→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 3.308 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2268	1182	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18424	-	-	-
obs	0.18641	21926	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.106 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	0 Å²	0.62 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.16 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.246 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2454	0	0	254	2708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.945	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.874	3	5303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.542	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.3	452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.3	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.5	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.134	0.3	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.328	0.3	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.3	0.5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.902	1.5	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.06	2	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.018	3	855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.528	4.5	740
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.252	79
R_work	0.24	1560

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4901	1.6665	0.5331	4.7488	0.2066	1.4838	-0.1519	0.2056	-0.1612	-0.2671	0.2494	-0.2525	0.1707	-0.0105	-0.0974	0.1062	-0.0302	0.0481	0.1189	0.0075	0.0259	28.941	-13.697	9.727
2	3.6759	-0.7084	-0.6635	3.8885	1.5039	2.1664	-0.0284	0.2724	-0.0987	-0.1093	0.1331	0.2292	-0.0011	0.0513	-0.1047	0.0389	-0.0169	-0.0015	0.0859	0.0204	0.0613	5.774	0.3	12.972
3	2.1459	0.309	0.0446	2.0718	0.9157	2.1608	-0.1679	-0.0405	0.0489	0.0659	0.1251	-0.1026	-0.1562	0.0591	0.0429	0.0837	-0.0097	0.0148	0.0845	0.0391	0.0861	14.838	20.346	25.414
4	2.7931	0.6351	0.0926	2.7338	0.2181	1.3753	0.0748	-0.0263	0.3832	0.1843	-0.0488	-0.1048	0.1073	0.0388	-0.0261	0.0346	-0.0162	0.0343	0.0374	-0.0186	0.1476	38.612	7.457	19.571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	112 - 194	5 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	197 - 271	90 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	112 - 194	5 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	197 - 270	90 - 163

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.227 / R_factor R_work: 0.184

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.8

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_work: 0.24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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