分子量: 60259.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MODEL WITHOUT ION AND WATER / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC SPACE / 参照: UniProt: P24474, EC: 1.9.3.2
ABOUT 90% OF THE C HEMES ARE REDUCED D1 HEMES ARE FULLY OXIDIZED DETERMINED BY ...ABOUT 90% OF THE C HEMES ARE REDUCED D1 HEMES ARE FULLY OXIDIZED DETERMINED BY MICROSPECTROPHOTOMETRY ON THE CRYSTAL.
解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 42660 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 54.46 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル
解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.254
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
X-PLOR
3.8
モデル構築
X-PLOR
3.8
精密化
DENZO
データ削減
PROW
データ削減
CCP4
データスケーリング
X-PLOR
3.8
位相決定
精密化
開始モデル: OXIDIZED NITRITE REDUCTASE FROM PS. AERUGINOSA 解像度: 2.9→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 40000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.241
1345
3.6 %
RANDOM
Rwork
0.204
-
-
-
obs
0.204
35857
97.4 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 35.85 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.496 Å
0.42 Å
Luzzati d res low
-
12 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.9→12 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
8417
0
184
0
8601
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d
0.009
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg
1.673
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d
25.21
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d
1.358
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scangle_it
LS精密化 シェル
解像度: 2.9→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 8