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- PDB-1n8n: Crystal structure of the Au3+ complex of AphA class B acid phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8n
タイトルCrystal structure of the Au3+ complex of AphA class B acid phosphatase/phosphotransferase from E. coli at 1.69 A resolution
要素Class B acid phosphatase
キーワードHYDROLASE / Class B acid phosphatase / DDDD acid phosphatase / metallo-enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phosphoserine phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIB, AphA / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GOLD 3+ ION / Class B acid phosphatase / Class B acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Rossolini, G.M. / Thaller, M.C. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The first structure of a bacterial class B Acid phosphatase reveals further structural heterogeneity among phosphatases of the haloacid dehalogenase fold.
著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: FEMS Microbiol.Lett. / 年: 1997
タイトル: Identification of the gene (aphA) encoding the class B acid phosphatase/phosphotransferase of Escherichia coli MG1655 and characterization of its product
著者: Thaller, M.C. / Schippa, S. / Bonci, A. / Cresti, S. / Rossolini, G.M.
履歴
登録2002年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7522
ポリマ－23,5551
非ポリマー1971
水5,116284
1
A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0098
ポリマ－94,2214
非ポリマー7884
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area12110 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.279, 92.457, 138.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer

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要素

#1: タンパク質 Class B acid phosphatase / APHA CLASS B ACID PHOSPHATASE/PHOSPHOTRANSFERASE


分子量: 23555.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: APHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32697, UniProt: P0AE22*PLUS, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AU3 / GOLD 3+ ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: AphA 6mg/mL, 50 mM Na acetate, 25% PEG 6000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K. The crystals of the native enzyme (containing Mg2+ or Zn2+) have been soaked in 1 mM solution of AuCl3
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
217-22 %PEG60001reservoir
31 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0377, 1.0404, 0.9392
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月13日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03771
21.04041
30.93921
反射解像度: 1.69→46.13 Å / Num. all: 31884 / Num. obs: 31884 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.709 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 2976 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 53
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.3 % / Num. measured all: 135549 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 2579 / Num. measured obs: 7369 / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MAD-phased Bromine derivative at 2.2 A resolution

解像度: 1.69→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20698 1673 5.1 %RANDOM
Rwork0.17759 ---
all0.17906 31884 --
obs0.17906 31884 88.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3----0.91 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 1 284 1928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9292292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6055208
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2779
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8981.51044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63421692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6953642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6234.5600
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 148 -
Rwork0.284 292 -
obs-2976 53 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg5.6
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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