[日本語] English
万見
- PDB-1n8b: Bacteriophage T4 baseplate structural protein gp8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8b
タイトルBacteriophage T4 baseplate structural protein gp8
要素baseplate structural protein gp8
キーワードVIRAL PROTEIN / BACTERIOPHAGE T4 / BASEPLATE / DIMER / BETA SANDWICH / HALIDE BINDING / BR / BROMINE / BROMIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly
類似検索 - 分子機能
baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Beta Complex / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Baseplate wedge protein gp8
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Kostyuchenko, V.A. / Chipman, P.R. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and location of gene product 8 in the bacteriophage T4 baseplate
著者: Leiman, P.G. / SHNEIDER, M.M. / KOSTYUCHENKO, V.A. / CHIPMAN, P.R. / MESYANZHINOV, V.V. / ROSSMANN, M.G.
履歴
登録2002年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: baseplate structural protein gp8
B: baseplate structural protein gp8
C: baseplate structural protein gp8
D: baseplate structural protein gp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,36344
ポリマ－152,1674
非ポリマー3,19640
水5,008278
1
A: baseplate structural protein gp8
B: baseplate structural protein gp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,76123
ポリマ－76,0832
非ポリマー1,67821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
2
C: baseplate structural protein gp8
D: baseplate structural protein gp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,60221
ポリマ－76,0832
非ポリマー1,51819
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area29430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.203, 65.766, 79.647
Angle α, β, γ (deg.)93.04, 100.32, 91.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細the asymmetric unit contains two biologically active identical dimers

-
要素

#1: タンパク質
baseplate structural protein gp8 / Baseplate wedge protein 8


分子量: 38041.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: gene 8 / プラスミド: PET-22B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19062
#2: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, PEG 6000, LIBR, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月27日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: BENT GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 28798 / Num. obs: 28530 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 2847 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N7Z

1n7z


解像度: 2.9→30.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1021 3.6 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.223635 28798 --
obs0.223635 28530 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.6471 Å2 / ksol: 0.314127 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.22 Å28.61 Å212.37 Å2
2---4.8 Å29.19 Å2
3---11.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10524 0 40 278 10842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 132 3.7 %
Rwork0.281 3439 -
obs--98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る