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- PDB-1n88: NMR structure of the ribosomal protein L23 from Thermus thermophilus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n88
タイトルNMR structure of the ribosomal protein L23 from Thermus thermophilus.
要素Ribosomal protein L23
キーワードTRANSLATION / NMR spectroscopy / protein structure / L23 / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL23
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, energy minimization
データ登録者Ohman, A. / Rak, A. / Dontsova, M. / Garber, M.B. / Hard, T.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2003
タイトル: NMR structure of the ribosomal protein L23 from Thermus thermophilus.
著者: Ohman, A. / Rak, A. / Dontsova, M. / Garber, M.B. / Hard, T.
履歴
登録2002年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein L23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7601
ポリマ－10,7601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / 100accept.inp (XPLOR), low energy and good Ramachandran behaviour.
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET11c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RA57

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
121CBCANH,CBCA(CO)NH,HNCO,HNCA,HN(CO)CA,C(CO)NH,HC(CO)NH,(H)CCH-COSY,(H)CCH-TOCSY
1323D 15N-separated NOESY
1422D 15N-HSQC,3D 15N-DIPSI-HSQC
1522D 1H-DQF-COSY, 2D 1H-clean-TOCSY, 2D 1H-NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM L23 U-15N,13C; 50mM KH2PO4, pH=5.1, 200mM LiCl290% H2O/10% D2O
20.8mM L23 U-15N; 50mM KH2PO4, pH=5.1, 200mM LiCl290% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.2M LiCl2 / pH: 5.1 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker Biospincollection
XwinNMR2.6Bruker Biospin解析
NMRPipe2.1Delaglio, F.解析
ANSIG1.02Helgstrand, M.データ解析
X-PLOR3.851精密化
AQUA3.2Laskowski, R.A.データ解析
TALOS1999.019.15.47Cornilescu, G.データ解析
MOLMOL2K.1Koradi, R.データ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: Distance restraints: 1660 Dihedral angle restraints: 61
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: accept.inp (XPLOR), low energy and good Ramachandran behaviour.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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